MIMIC-III臨床データベース

オリジナル住所
アリスター・ジョンソン、トム・ポラード、ロジャーマーク
公開：9月4日、2016年バージョン：1.4

MIMIC-IIIは、クラウドプラットフォーム（2019年9月30日夜02時28分）に使用しました

Googleのクラウドプラットフォーム（GCP）とAmazon Webサービス（AWS）：MIMIC-IIIデータベースは現在、二つの主要なクラウドプラットフォーム上で使用することができます。クラウド上のデータにアクセスするには、単にすることができ、あなたの物理的なネットワーク構成ファイルへのクラウドに関連する識別子を追加します。もっと説明がにすることができMIMIC-IIIのウェブサイト上で見つけました。

使用教程：BigQueryのとMIMIC-III（GCP）、アテナとMIMIC-III（AWS）

必要な参考文献

このリソースを使用する場合は、引用してください：
ジョンソン、A.、ポラード、T.、マーク、R.（2016）。MIMIC-III臨床データベース。PhysioNet。DOI：10.13026 / C2XW26

また、元の出版物引用してください：
ジョンソン、AEW、ポラード、TJ、シェン、L.、リーマン、LH、風水、M.、Ghassemi、M.、ムーディーズ、B.、Szolovits、P.、チェリ、LAを、＆マーク、RG（2016）。MIMIC-III、自由にアクセスクリティカルケアデータベース。科学的データ、3、160035。

PhysioNetのための標準的な引用を含めてください：
ゴールドバーガーAL、アマラルLAN、グラスL、ハウスドルフJM、イワノフPCH、マーク・RG、Mietus JE、ムーディーズGB、鵬CK、スタンレーHEを。PhysioBank、のPhysioToolkit、およびPhysioNet：複雑な生理学的信号のための新しい研究資源のコンポーネント（2003）。サーキュレーション。101（23）：E215-E220。

データセットの概要

MIMIC-IIIは、ベス・イスラエル・ディーコネス医療センター（ベス・イスラエル・ディーコネス医療センター）集中治療室40,000人以上の患者の間で2001年と2012年の健康関連データを含む大規模な、自由に使用可能なデータベースです。
データベースは、人口統計データ、バイタルサイン測定（約1時間からデータポイント）が臨床、臨床検査、処置、薬物、看護師記録されたビデオレポートおよび死亡率（放電後を含む）およびその他の情報で行われる含みます。

MIMICは改善し、電子ツールを開発するための疫学的、臨床的な決定ルールを含めた分析研究、各種のサポート、データセットは、3つの特性を有しています。

世界中の研究者は無料で利用できます
これは、ICU患者の非常に大規模で多様なグループが含まれています
これは、検査結果、バイタルサイン、薬などを含め、データの細分度の高い含まれています

背景

近年では、協調的な行動、病院でのデジタル医療記録の使用があります。米国では、2008-2014 7年間で、デジタル・システムの数は9.4％から75.5パーセントに、基本的な非連邦政府の急性期ケア病院があります。[1]
これらの進歩にもかかわらず、デジタルシステムの相互運用性は、データ統合の課題で、その結果、まだ未解決の問題です。したがって、理解とケアの改善に病院のデータ電位が完全に実現されていません。同時に、理由は増加批判の下で研究し、再現性の欠如の科学界。[2]

方法

MIMIC-IIIは、データ利用契約に応じてこれらのデータの国際的に研究者が広く利用できる、（ボストン、マサチューセッツ州）の患者ベス・イスラエル・ディーコネス医療センター臨床データを統合します。オープンデータは、複製し、改善するための臨床研究を可能にしますそれ以外の場合は不可能です。
ルーチン病院のケア中に得られたデータで埋めMIMIC-IIIデータベースは、介護者には何の相関負担はありません、それは自分の仕事の流れを妨げることはありません。含む、複数のソースからデータをダウンロードします。

集中治療情報システムからアーカイブ。
病院の電子カルテデータベース。
社会保障庁死マスターファイル。

;およびiMDsoft MetaVision ICU（iMDsoft、ニーダム、MA）フィリップスCareVue臨床情報システム（フィリップスメディカルシステムズ、アンドーバー、MAモデルM2331AとM1215A）：データ収集時には、二つの異なるクリティカルケア情報システムがあります。これらのシステムは、次のような臨床データのソースです。

タイムスタンプは、看護師は、生理学的測定値（例えば、毎時レコード心拍数、動脈血圧、または呼吸数）を確認しました。
進捗介護記録。
薬物および体液バランスの連続静脈内注入。
水分摂取量（CareVueとMetaVisionシステムとの間の構造の有意差）に関連したデータに加えて、データの構造のデータベーステーブルがマージされます。結合データは、データソースの接尾辞で表すことができません。例えば、患者の入力を監視するために使用ケアシステムは、患者INPUTEVENTS_MVでMetavisionで監視入力・ストレージ・システムを使用し、一方、INPUTEVENTS_CVに格納されています。病院や研究所健康記録システムから収集されたその他の情報が含まれます：
患者統計や院内死亡率。
検査結果（例えば、血液学、化学、微生物学の結果）。
退院サマリと心電図およびイメージング研究。
このような疾患の国際分類第9版（ICD-9）仕様、診断関連グループ（DRG）と現在のプログラム仕様の用語（CPT）仕様などの課金関連情報、。
病院外の死の日付を取得するために社会保障庁死マスターファイルを使用してください。
データが含まれていたMIMIC-IIIデータベースの前に、それは最初の認証を行う（HIPAA）標準の用途は、洗浄とデータ転送データを構造化「医療保険の携行性と責任に関する法律。」識別プロセス構造化データは、患者の名前、電話番号、住所、および日付フィールドを含むリストされているすべての18 HIPAA識別データ要素を、削除する必要があります。特に、ランダムにより時間間隔を維持するために一貫した方法で患者ごとにオフセット、次の日に移動し、結果は2200年の2100との間のある時点で起こる残ります。日、おおよその季節週の時刻と日付の変換中に保持されています。89歳以上の患者で誕生日は自分の本当の年齢を隠すために変更されたものであり、満たすHIPAAの要件：古い300年以上のデータベースでは、患者の年齢。
保護された健康情報が豊富な辞書に基づいて厳格な査定評価システムのクエリや正規表現パターンマッチングを使用して、このような診断レポートや医師のメモとして、フリーテキストフィールドから削除されます。新しいデータが取得されるように、拡張システムの識別部。
プロジェクト（ケンブリッジ、マサチューセッツ州）は、ベス・イスラエル・ディーコネス医療センター（ボストン、MA）およびマサチューセッツ工科大学の施設内倫理委員会によって承認されました。このプロジェクトは、臨床ケアに影響を与えませんし、個々の特許請求の範囲の患者の同意が放棄されたように、すべての保護された健康情報は、同定されているので。

データの説明（重要）

26のMIMIC-IIIは、リレーショナルデータベースのテーブルです。表は、典型的には、識別子のサフィックスとして「ID」によって接続されています。例えば、
subject_idはユニークな患者を指し、
HADM_IDは唯一の病院に入院指し、
しかしICUSTAY_IDは集中治療室に入院指します。

このようなノート、臨床検査および流体バランスなどのイベント、のチャートレコーダは、「イベント」テーブルのシリーズに格納されています。例えば、OUTPUTEVENTS表は、与えられた患者の出力に関連するすべての措置が含まれており、LABEVENTSテーブルは、患者の検査結果が含まれています。

「D_」プレフィックステーブルでディクショナリ表が定義識別子を提供しています。例えば、各行は、測定された単一ITEMID、ITEMID概略図に関連しているCHARTEVENTS、それは実際の測定の名前が含まれていません。CHARTEVENTSとD_ITEMS ITEMIDを接続することにより、所与の概念によって識別することができるITEMIDを表しました。

シンプルさと近接事実との間のバランスを取るために関連するMIMICモデルの開発データは説明しました。したがって、モデルは、シミュレーションデータベースのユーザフィードバック反復に応答して修正さ基礎となるデータソースを反映しています。変換中に、非常に密接に、基礎となるデータについての仮定をすることを避けるように注意してください、元の病院のデータMIMIC-IIIを表します。

一般的に、患者の入院期間を定義し、追跡するための5つのテーブルがあります。;患者; ICUSTAYS; SERVICES入学 ;転送
追加図5は、コードが定義された各CROSS用の辞書を指す：D_CPT; D_ICD_DIAGNOSES; D_ICD_PROCEDURES; D_ITEMS ;およびD_LABITEMS。
表の残りは、そのような生理学的測定、観察された看護師や課金情報などの患者のケアに関連するデータを含みます。

いくつかのケースでは、テーブルが組み込まれていてもよい - 例えば、D_ICD_PROCEDURESとCPTEVENTSテーブルは、プロセスに関連する詳細情報を含み、組み込むことができる - ただし、明確にするために、我々のアプローチは、別個のテーブルを維持することで、データソースが大きくを有するため異なります。私たちは、研究者は、適切なデータベース・ビューと変換ではなく、MIMICモデルにおけるデータテーブルの組み合わせを開発したことをお勧めします。

注意事項

MIMIC-IIIは、設定されたコンマ値（CSV）ファイルを分離し、スクリプト（PostreSQL、MySQLおよびMonetDB含む）データベースシステムにデータを助けるために提供します。それは適切なケアと敬意を持って扱われなければならないので、データベースので、患者の臨床ケアに関する詳細情報が含まれています。研究者は、必要MIMICのウェブサイトにプロセスの記録へのアクセスのための正式な要請を。アクセスを許可する前に、次の2つの重要なステップを完了する必要があります。

研究者はもちろんの医療保険の携行性と責任に関する法律（HIPAA）の要件を含むヒト研究参加者の保護認識を完了する必要があります。
研究者は、データと安全基準の適切な使用を概説し、データ利用契約に署名しなければならない、と個々の患者を識別禁止します。
少なくとも週の承認。申請が承認されると、研究者はPhysioNetWorks電子メールからデータベースをダウンロードするための命令を受け取ることになります。