異なる種からの遺伝子の進化的関係（遺伝子木、遺伝子ツリー）及びこれらの種自体の進化的関係（樹種、種ツリー）の組を考えます
必ずしも同じでは、それは、これらの種のゲノム中に存在するこれらの遺伝子から、合理的なようです。しかし、そうではありません。必ずしも同じ遺伝子の樹種の木。
遺伝子樹種や木は、図に示すように、状況異なる場合があります。最初の祖先集団を固定A 1つの対立遺伝子（上面）が、その後A 2変異
グループは、多型グループとなりました。この多型であっても1分で種アウト、および独立した種が依然として存在している。2、3。最終的に、しかし、それは対立で発生しました
欠落している遺伝子（および他の対立遺伝子が固定されている）、本実施形態では、種1及び2つの対立遺伝子A2の固定、及び3つのに固定されている種は、A1対立遺伝子。これはそれを意味し、
ツリーは、最も密接にグループに関連する種として遺伝子対立遺伝子1および2から来る、及び樹種は、実際には、2及び3は、最も密接に関連する種であることを示しました。
そのためリストラのため、状況はより複雑になります。遺伝子を再構築することができますので、それは別の遺伝子が異なる進化の歴史を持っていることを意味します。なぜなら
同じ遺伝子の異なる部分があっても、異なる進化の歴史を有していてもよいように、組換えは、遺伝子内で発生することができます。比較的短期間基のさらなる多型
または、非常に古い木の分類群の遺伝子の樹種と確かに一般的に一致しています。限り長期維持のための遺伝子の木と種の木々の間に不整合、
遺伝子多型、又は近親分類部は、危険です。