遺伝子によるCGC 723 ClusterProfiler
のbitr
変換機能、15個の遺伝子が対応EntrezIDに一致させることができません。私はgenecardと比較して、悪魔の理由を見つけます。
その理由は何ですか?
IDはしていません!代わりに、標準ID CGCのIDによって提供されていないorg.Hs.eg.db
それぞれの他のタイプのIDにインデックスを付けます。Iは、標識されたEntrezID対応する、標準的なIDのgenecardから、これらの遺伝子のいずれかによって取り出さBenbanfaを用います。
Gene Symbol GeneCardID EntrezID
C2orf44 WDCP 80304
CASC5 KNL1 57082
FAM46C TENT5C 54855
KIAA1598 SHTN1 57698
LHFP LHFPL6 10186
MKL1 MRTFA 57591
MLLT4 AFDN 4301
RUNDC2A SNX29 92017
SEPT5 SEPTIN5 5413
SEPT6 SEPTIN6 23157
SEPT9 SEPTIN9 10801
WHSC1 NSD2 7468
WHSC1L1 NSD3 54904
ZNF198 ZMYM2 7750
ZNF278 PATZ1 23598
入力が、正しく対応するIDと一致するように、これらの遺伝子は15 GeneCardID。
cgc.genecard <- c("WDCP","KNL1","TENT5C","SHTN1","LHFPL6",
"MRTFA","AFDN","SNX29","SEPTIN5","SEPTIN6","SEPTIN9",
"NSD2","NSD3","ZMYM2","PATZ1")
bitr(cgc.genecard,
fromType="SYMBOL",
toType="ENTREZID",
OrgDb="org.Hs.eg.db",
drop = F)
'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns
SYMBOL ENTREZID
1 WDCP 80304
2 KNL1 57082
3 TENT5C 54855
4 SHTN1 57698
5 LHFPL6 10186
6 MRTFA 57591
7 AFDN 4301
8 SNX29 92017
9 SEPTIN5 5413
10 SEPTIN6 23157
11 SEPTIN9 10801
12 NSD2 7468
13 NSD3 54904
14 ZMYM2 7750
15 PATZ1 23598
ねえ、問題は比較的容易CGCとgenecard一貫性のない規格遺伝子名を解決する方法はありますか?
ねえ、あなたはorg.Hs.eg.dbを使用する必要がclusterProfilerで、どのようにより良いアンサンブルとorg.Hs.eg.dbそれ間の調整不足に対処するには?