CGC 723遺伝子のバージョン15遺伝子名の代わりに、標準的な名前

遺伝子によるCGC 723 ClusterProfilerbitr変換機能、15個の遺伝子が対応EntrezIDに一致させることができません。私はgenecardと比較して、悪魔の理由を見つけます。
その理由は何ですか?
IDはしていません!代わりに、標準ID CGCのIDによって提供されていないorg.Hs.eg.dbそれぞれの他のタイプのIDにインデックスを付けます。Iは、標識されたEntrezID対応する、標準的なIDのgenecardから、これらの遺伝子のいずれかによって取り出さBenbanfaを用います。

Gene Symbol GeneCardID  EntrezID
C2orf44 WDCP    80304
CASC5   KNL1    57082
FAM46C  TENT5C  54855
KIAA1598    SHTN1   57698
LHFP    LHFPL6  10186
MKL1    MRTFA   57591
MLLT4   AFDN    4301
RUNDC2A SNX29   92017
SEPT5   SEPTIN5 5413
SEPT6   SEPTIN6 23157
SEPT9   SEPTIN9 10801
WHSC1   NSD2    7468
WHSC1L1 NSD3    54904
ZNF198  ZMYM2   7750
ZNF278  PATZ1   23598

入力が、正しく対応するIDと一致するように、これらの遺伝子は15 GeneCardID。

cgc.genecard <- c("WDCP","KNL1","TENT5C","SHTN1","LHFPL6",
                  "MRTFA","AFDN","SNX29","SEPTIN5","SEPTIN6","SEPTIN9",
                  "NSD2","NSD3","ZMYM2","PATZ1")

bitr(cgc.genecard, 
     fromType="SYMBOL", 
     toType="ENTREZID", 
     OrgDb="org.Hs.eg.db",
     drop = F) 
'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns
    SYMBOL ENTREZID
1     WDCP    80304
2     KNL1    57082
3   TENT5C    54855
4    SHTN1    57698
5   LHFPL6    10186
6    MRTFA    57591
7     AFDN     4301
8    SNX29    92017
9  SEPTIN5     5413
10 SEPTIN6    23157
11 SEPTIN9    10801
12    NSD2     7468
13    NSD3    54904
14   ZMYM2     7750
15   PATZ1    23598

ねえ、問題は比較的容易CGCとgenecard一貫性のない規格遺伝子名を解決する方法はありますか?
ねえ、あなたはorg.Hs.eg.dbを使用する必要がclusterProfilerで、どのようにより良いアンサンブルとorg.Hs.eg.dbそれ間の調整不足に対処するには?

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転載: www.cnblogs.com/yuwq/p/11461939.html