图1 Linux 系统文件和目录组织示意图
文件系统的最顶层是由根目录开始的，系统使用"/"来表示根目录，在根目录之下的既可以是目录，也可以是文件，而每一个目录中又可以包含（子）目录或文件。
在文件系统中，有两个特殊的目录，一个是用户所在的工作目录，即当前目录,可用"."表示；另一个是当前目录的上一层目录，也叫做父目录，可用".."表示。当一个目录或文件名是以"."开始，就表示这个目录或文件是隐藏目录或文件，在默认的查找方式中不显示该目录或文件。
Linux系统采用文件系统层次标准，也被称之为FHS标准，它规定了根目录下各个目录应该存放在哪些类型的文件(或子目录)。下面是Linux中的一级目录及其作用：
| 一级目录 | 功能作用 |
| /bin/ | 存放系统命令，普通用户和root用户都可以执行。放在/bin下的命令在单用户模式下也可以执行 |
| /boot/ | 系统启动目录，保存与系统启动相关的文件，如内核文件和启动引导程序(grub)文件等 |
| /dev/ | 设备文件保存位置 |
| /etc/ | 配置文件保存位置。系统内所有采用默认安装方式(rpm安装)的服务配置文件全部保存在此目录中，如用户信息、服务的启动脚本、常用的服务配置文件等 |
| /home/ | 普通用户的主目录，也称为家目录。在创建用户时，每个用户要有一个默认登陆和保存自己数据的位置，就是用户的主目录，所有普通用户的主目录是在/home/下建立一个和用户名相同的目录 |
| /lib/ | 系统调用的函数库保存位置 |
| /media/ | 挂载目录。系统建议用来挂载媒体设备，如软盘和光盘 |
| /mnt/ | 挂载目录。早期Linux只有这一个挂载目录，并没有细分。系统建议这个目录用来挂载额外的设备，如U盘、系统硬盘和其他操作系统的分区 |
| /misc/ | 挂载目录。系统建议用来挂载 NFS 服务的共享目录。虽然系统准备了三个默认挂载目录 /media/、/mnt/、/misc/，但是到底在哪个目录中挂载什么设备可以由管理员自己决定。例如，笔者在接触 Linux 的时候，默认挂载目录只有 /mnt/，所以养成了在 /mnt/ 下建立不同目录挂载不同设备的习惯，如 /mnt/cdrom/ 挂载光盘、/mnt/usb/ 挂载 U 盘 |
| /opt/ | 第三方安装的软件保存位置。这个目录是放置和安装其他软件的位置，手工安装的源码包软件都可以安装在这个目录中。其次/usr/local/目录也可以用来安装软件 |
| /root/ | root的主目录。普通用户主目录在/home/下，root主目录直接挂载在"/"下 |
| /sbin/ | 保存与系统环境设置相关的命令，只有root可以使用这些命令进行系统环境设置，但也有命令可以允许普通用户查看 |
| /srv/ | 服务数据目录。一些系统服务启动之后，可以在这个目录中保存所需要的数据 |
| /tmp/ | 临时目录。系统存放临时文件的目录，在该目录下，所有用户都可以访问和写入 |
除了FHS规定的根目录中包含的子目录以外，还有其他几个一级目录
| 一级目录 | 功能作用 |
| /lost+found/ | 当系统意外崩溃或意外关机时，产生的一些文件碎片会存放在这里。在系统启动的过程中，fsck 工具会检查这里，并修复已经损坏的文件系统。这个目录只在每个分区中出现，例如，/lost+found 就是根分区的备份恢复目录，/boot/lost+found 就是 /boot 分区的备份恢复目录 |
| /sys/ | 虚拟文件系统。和 /proc/ 目录相似，该目录中的数据都保存在内存中，主要保存与内核相关的信息 |
| /proc/ | 虚拟文件系统。该目录中的数据并不保存在硬盘上，而是保存到内存中。主要保存系统的内核、进程、外部设备状态和网络状态等。如 /proc/cpuinfo 是保存 CPU 信息的，/proc/devices 是保存设备驱动的列表的，/proc/filesystems 是保存文件系统列表的，/proc/net 是保存网络协议信息的...... |
Linux /usr 目录
usr，全称是Unix Software Resource，此目录用于存储系统软件资源。
| 子目录 | 功能作用 |
| /usr/bin/ | 存放系统命令，普通用户和超级用户都可以执行。这些命令和系统启动无关，在单用户模式下不能执行 |
| /usr/sbin/ | 存放根目录系统不必要的系统管理命令 |
| /usr/lib/ | 应用程序调用的函数库保存位置 |
| /usr/XllR6/ | 图形界面系统保存位置 |
| /usr/local/ | 手工安装的软件保存位置。我们一般建议源码包软件安装在这个位置 |
| /usr/share/ | 应用程序的资源文件保存位置，如帮助文档、说明文档和字体目录 |
| /usr/src/ | 源码包保存位置。我们手工下载的源码包和内核源码包都可以保存到这里。不过笔者更习惯把手工下载的源码包保存到 /usr/local/src/ 目录中，把内核源码保存到 /usr/src/linux/ 目录中 |
| /usr/include | C/C++ 等编程语言头文件的放置目录 |
Linux /var 目录
/var 目录用于存储动态数据，例如缓存、日志文件、软件运行过程中产生的文件等。
| 子目录 | 功能作用 |
| /var/lib/ | 程序运行中需要调用或改变的数据保存位置。如MySQL的数据库保存在/var/lib/mysql目录中 |
| /var/log/ | 登陆文件放置的目录，其中所包含比较重要的文件如 /var/log/messages, /var/log/wtmp 等。 |
| /var/run/ | 一些服务和程序运行后，它们的 PID（进程 ID）保存位置 |
| /var/spool/ | 里面主要都是一些临时存放，随时会被用户所调用的数据，例如 /var/spool/mail/ 存放新收到的邮件，/var/spool/cron/ 存放系统定时任务。 |
| /var/www/ | RPM 包安装的 Apache 的网页主目录 |
| /var/nis和/var/yp | NIS 服务机制所使用的目录，nis 主要记录所有网络中每一个 client 的连接信息；yp 是 linux 的 nis 服务的日志文件存放的目录 |
| /var/tmp | 一些应用程序在安装或执行时，需要在重启后使用的某些文件，此目录能将该类文件暂时存放起来，完成后再行删除 |
