原位连接：补平产物4℃低温500g离心2min，弃上清，沉淀用1X T4连接酶buffer重悬，按照1~2 Cohesive unit/μL的连接酶用量在250μL连接体系中进行平末端连接，16℃连接4-8小时。
（连接酶的活性，浓度，反应温度和时间都有可能是影响连接效果的因素？而下面解交联后的DNA回收效果即浓度大小，也有可能影响连接效果在电泳上的检测体现）
连接产物的纯化和质量控制：连接产物加入200 mmol/L的NaCl, 1μg/μL的蛋白酶K, 65℃解交联过夜，RNAase A 处理去除RNA,乙醇沉淀回收DNA, 经QIAGEN DNA回收试剂盒再次纯化后，NanoDrop ND1000测浓度，分别取基因组DNA，限制性酶切产物，连接产物电泳，根据条带大小进行酶切和连接效果的检测和质控。
参考内容：
张香媛, et al. "全基因组染色质相互作用 Hi-C 文库制备的优化及其质量控制." 遗传 39.9 (2017): 847-855.