蛋白组学生物信息资源列表

前言

在工业界,天天做着重复的简单工作,已失去了对领域新技术发展的敏感性和好奇心,对技术人员来说这是件可怕的事情。因为没时间,也没兴趣看文献,不能掌握第一手资料,只能在网上找找已有的信息,随便翻翻大佬的博客,看看人家在做什么。这样也能稍稍了解行业动态,有助于对知识的思考和业务水平的提升。

工具包

Bioconductor workflow:
关于蛋白组的内容并不多,目前只有proteomics这一个workflow。我暂时还没用过。
https://www.bioconductor.org/packages/release/workflows/html/proteomics.html

image.png

Github:
Github上topics以mass-spectrometry为关键词搜索结果(按标星排序):
https://github.com/topics/mass-spectrometry

以proteomics为关键词搜索结果:
https://github.com/topics/proteomics

有一个RforProteomics的R包专用统计了蛋白质组学数据分析的包,并进行可视化展示。

可以看出,相比于基因组学,蛋白组和代谢组流行的包实在太少了。后期我会从中选择几个感兴趣的工具试用下,如果好用再学习源码。

大佬Lab

瑞士苏黎世联邦理工大学(ETH)Ruedi Aebersold团队
https://imsb.ethz.ch/research/aebersold.html

德国马普研究所Matthias Mann团队
https://www.cpr.ku.dk/research/proteomics/mann-group/

德国马普研究所Juergen Cox团队
https://www.biochem.mpg.de/en/rg/cox

比利时根特大学系统生物学团队(Computational Omics and Systems Biology Group)
宏蛋白组学研究:
https://www.compomics.com/

中国科学院pFind团队
https://github.com/pFindStudio
http://pfind.ict.ac.cn/

美国贝勒医学院张兵团队
http://www.zhang-lab.org/
https://github.com/bzhanglab

耶鲁大学刘延盛团队
https://www.yslproteomics.org/

会议

中国计算蛋白质组学研讨会(CNCP)
http://cncp.ict.ac.cn/2018/index.html
中国计算蛋白质组学会议是pFind团队主办的,算是集结了中国蛋白组生信力量。从2010年开始,会议每两年举办一次,目前已举办了五届。稍微看了下往届的安排、主题、内容和文化,感觉挺好的。希望今年有机会参加上海的会议。里面有部分公开的视频和课件,虽然是几年前的东西,感觉还不过时(可能是质谱技术发展受限的缘故吧),可挑取自己感兴趣的内容,仔细看看,收获会有不少。

国际蛋白质组学大会,HUPO(Human Proteome Organisation)
https://hupo.org/
偏学术。看看就行,不评价。

美国质谱学会ASMS
https://asms.org
偏应用。看看就行,不评价。

后记

以上列出的只是一个引子,真正想了解内容还是需要自己去深挖,找到某个感兴趣的工具或问题,不断延展学习。切勿收藏不看。

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转载自www.cnblogs.com/jessepeng/p/12189959.html