1、存储结构
每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。
.frm文件存储表定义。
数据文件的扩展名为.MYD (MYData)。
索引文件的扩展名是.MYI (MYIndex)。
2、存储空间
MyISAM：可被压缩，存储空间较小。
InnoDB：需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。
MyISAM的索引和数据是分开的，并且索引是有压缩的，内存使用率就对应提高了不少。能加载更多索引，而Innodb是索引和数据是紧密捆绑的，没有使用压缩从而会造成Innodb比MyISAM体积庞大不小
3、事务处理
MyISAM类型的表强调的是性能，其执行数度比InnoDB类型更快，但是不支持外键、不提供事务支持。
InnoDB提供事务支持事务，外部键（foreign key）等高级数据库功能。
SELECT、UPDATE、INSERT、Delete操作
如果执行大量的SELECT，MyISAM是更好的选择。
如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE，出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表。
DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。而MyISAM则是重新建立表。在innodb上如果要清空保存有大量数据的表，最好使用truncate table这个命令。
AUTO_INCREMENT
MyISAM：可以和其他字段一起建立联合索引。引擎的自动增长列必须是索引，如果是组合索引，自动增长可以不是第一列，他可以根据前面几列进行排序后递增。
InnoDB：InnoDB中必须包含只有该字段的索引。引擎的自动增长列必须是索引，如果是组合索引也必须是组合索引的第一列。
4、表的具体行数
MyISAM：保存有表的总行数，如果select count(*) from table;会直接取出该值。
InnoDB：没有保存表的总行数，如果使用select count(*) from table；就会遍历整个表，消耗相当大，但是在加了where后，myisam和innodb处理的方式都一样。
5、全文索引
MyISAM：支持 FULLTEXT类型的全文索引。不支持中文。
InnoDB：不支持FULLTEXT类型的全文索引，但是innodb可以使用sphinx插件支持全文索引，并且效果更好。
6、表锁差异
MyISAM：只支持表级锁，只支持表级锁，用户在操作myisam表时，select，update，delete，insert语句都会给表自动加锁。
InnoDB：支持事务和行级锁，是innodb的最大特色。行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。但是InnoDB的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表， 例如update table set num=1 where name like “%aaa%”
一般来说：
MyISAM适合：
(1)做很多count 的计算；
(2)插入不频繁，查询非常频繁；
(3)没有事务。
InnoDB适合：
(1)可靠性要求比较高，或者要求事务；
(2)表更新和查询都相当的频繁，并且表锁定的机会比较大的情况。
CURD操作
MyISAM: 如果执行大量的select, MyISAM是更好的选择。（因为没有支持行级锁），在增删的时候需要锁定整个表格，效率会低一些。相关的是innoDB支持行级锁，删除插入的时候只需要锁定该行就行，效率较高。
InnoDB:如果你的数据执行大量的insert或update，出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表。Delete从性能上Innodb更优，但delete from table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除，在innodb上如果要清空保存有大量数据的表，最好使用truncate table这个命令
InnoDB：
支持事务处理等
不加锁读取
支持外键
支持行锁
不支持FULLTEXT类型的索引
不保存表的具体行数，扫描表来计算有多少行
DELETE 表时，是一行一行的删除
InnoDB 把数据和索引存放在表空间里面
跨平台可直接拷贝使用
InnoDB中必须包含AUTO_INCREMENT类型字段的索引
表格很难被压缩
MyISAM：
不支持事务，回滚将造成不完全回滚，不具有原子性
不支持外键
不支持外键
支持全文搜索
保存表的具体行数,不带where时，直接返回保存的行数
DELETE 表时，先drop表，然后重建表
MyISAM 表被存放在三个文件 。frm 文件存放表格定义。 数据文件是MYD (MYData) 。 索引文件是MYI (MYIndex)引伸
跨平台很难直接拷贝
MyISAM中可以使AUTO_INCREMENT类型字段建立联合索引
表格可以被压缩
选择：
因为MyISAM相对简单所以在效率上要优于InnoDB.如果系统读多，写少。对原子性要求低。那么MyISAM最好的选择。且MyISAM恢复速度快。可直接用备份覆盖恢复。
如果系统读少，写多的时候，尤其是并发写入高的时候。InnoDB就是首选了。
两种类型都有自己优缺点，选择那个完全要看自己的实际类弄。