InnoDB 支持事务，MyISAM 不支持，这一点是非常之重要。
事务是一种高级的处理方式，如在一些列增删改中只要哪个出错还可以回滚还原，而 MyISAM就不可以了；
MyISAM 适合查询以及插入为主的应用，InnoDB 适合频繁修改以及涉及到安全性较高的应用；
InnoDB 支持外键，MyISAM 不支持；
MyISAM 是默认引擎，InnoDB 需要指定；
InnoDB 不支持 FULLTEXT 类型的索引；
InnoDB 中不保存表的行数，如 select count() from table 时，InnoDB；需要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是 MyISAM 只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当 count()语句包含 where 条件时 MyISAM 也需要扫描整个表；
对于自增长的字段，InnoDB 中必须包含只有该字段的索引，但是在 MyISAM表中可以和其他字段一起建立联合索引；清空整个表时，InnoDB 是一行一行的删除，效率非常慢。MyISAM 则会重建表；
InnoDB 支持行锁（某些情况下还是锁整表，如 update table set a=1 where user like ‘%lee%’