生信软件安装：pilon，recon，arrow

版权声明：张晶晶 https://blog.csdn.net/qq_42351541/article/details/90182046

依旧是在配置新的那个集群服务器（没有外网情况下）
1.安装pilon
我们可以wget官方提供的编译好了的jar包
wget https://github.com/broadinstitute/pilon/releases/download/v1.23/pilon-1.23.jar --no-check-certificate
$cd pilon/
pilon-1.23.jar
$java -Xmx16G -jar pilon-1.23.jar
Error: Invalid or corrupt jarfile pilon-1.23.jar

尴尬，同样的文件能下载但是用不了，不知道是不是因为加了–no-check-certificate，不安全导致的
look，我在另一台服务器上运行（有外网），就有结果，(⊙﹏⊙)神奇
$wget https://github.com/broadinstitute/pilon/releases/download/v1.23/pilon-1.23.jar (base) [zhangjingjing@GenEngine pilon]$ java -Xmx16G -jar pilon-1.23.jar
Pilon version 1.23 Mon Nov 26 16:04:05 2018 -0500

Usage: pilon --genome genome.fasta [--frags frags.bam] [--jumps jumps.bam] [--unpaired unpaired.bam]
             [...other options...]
       pilon --help for option details

后续再写