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系统环境
- ubuntu 16
- R 3.4.4
- rstudio-server 1.1.463
- rmarkdown 1.6
- knitr 1.21
错误信息
Error: pandoc document conversion failed with error 43
错误场景
类似stackoverflow上这个错误。在rstudio-server中编写的包含中文的rmd文件可以正常生成对应的pdf文件,但是如果在命令行中通过如下代码执行生成pdf文件的命令,则会报错。
R -q -e 'rmarkdown::render("myreport.rmd", output_format = "pdf_document")
观察到在rstudio-server中生成pdf时系统打印出的pandoc命令如下:
/usr/lib/rstudio-server/bin/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS myreport.utf8.md --to latex .....
在命令行中生成pdf时系统打印出的pandoc命令如下:
/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS myreport.utf8.md --to latex...
可见,两个环境中使用的pandoc是不同的,查询两者pandoc的版本信息(pandoc -v)分别为1.19和1.16。因此应该是pandoc版本问题导致的错误。
错误排除
使用如下命令更新系统中的pandoc,发现系统对应最新版本的pandoc只能是1.16。
sudo apt-get install --upgrade pandoc
于是干脆用rstudio-server中的pandoc代替系统中的pandoc。
cd /usr/bin
sudo mv pandoc pandoc.bak # 备份系统中pandoc的执行文件
sudo ln -s /usr/lib/rstudio-server/bin/pandoc/pandoc pandoc # 建立软连接,将rstudio-server中的pandoc执行文件链接过来
现在系统中的pandoc命令已经替换为rstudio-server中的了,此时就可以在命令行环境中生成pdf报告了。