MySQL默认采用的是MyISAM。
MyISAM不支持事务，而InnoDB支持。InnoDB的AUTOCOMMIT默认是打开的，即每条SQL语句会默认被封装成一个事务，自动提交，这样会影响速度，所以最好是把多条SQL语句显示放在begin和commit之间，组成一个事务去提交。
InnoDB支持数据行锁定，MyISAM不支持行锁定，只支持锁定整个表。即 MyISAM同一个表上的读锁和写锁是互斥的，MyISAM并发读写时如果等待队列中既有读请求又有写请求，默认写请求的优先级高，即使读请求先到，所以 MyISAM不适合于有大量查询和修改并存的情况，那样查询进程会长时间阻塞。因为MyISAM是锁表，所以某项读操作比较耗时会使其他写进程饿死。
InnoDB支持外键，MyISAM不支持。
InnoDB的主键范围更大，最大是MyISAM的2倍。
InnoDB不支持全文索引，而MyISAM支持。全文索引是指对char、 varchar和text中的每个词（停用词除外）建立倒排序索引。MyISAM的全文索引其实没啥用，因为它不支持中文分词，必须由使用者分词后加入空 格再写到数据表里，而且少于4个汉字的词会和停用词一样被忽略掉。
MyISAM支持GIS数据，InnoDB不支持。即MyISAM支持以下空间数据对象：Point,Line,Polygon,Surface等。
没有where的count(*)使用MyISAM要比InnoDB快得多。因 为MyISAM内置了一个计数器，count(*)时它直接从计数器中读，而InnoDB必须扫描全表。所以在InnoDB上执行count(*)时一般 要伴随where，且where中要包含主键以外的索引列。为什么这里特别强调“主键以外”？因为InnoDB中primary index是和raw data存放在一起的，而secondary index则是单独存放，然后有个指针指向primary key。所以只是count(*)的话使用secondary index扫描更快，而primary key则主要在扫描索引同时要返回raw data时的作用较大。
InnoDB：
支持事务处理等
不加锁读取
支持外键
支持行锁
不支持FULLTEXT类型的索引
不保存表的具体行数，扫描表来计算有多少行
DELETE 表时，是一行一行的删除
InnoDB 把数据和索引存放在表空间里面
跨平台可直接拷贝使用
InnoDB中必须包含AUTO_INCREMENT类型字段的索引
表格很难被压缩
MyISAM：
不支持事务，回滚将造成不完全回滚，不具有原子性
不支持外键
不支持外键
支持全文搜索
保存表的具体行数,不带where时，直接返回保存的行数
DELETE 表时，先drop表，然后重建表
MyISAM 表被存放在三个文件 。frm 文件存放表格定义。 数据文件是MYD (MYData) 。 索引文件是MYI (MYIndex)引伸
跨平台很难直接拷贝
MyISAM中可以使AUTO_INCREMENT类型字段建立联合索引
表格可以被压缩
选择：
因为MyISAM相对简单所以在效率上要优于InnoDB.如果系统读多，写少。对原子性要求低。那么MyISAM最好的选择。且MyISAM恢复速度快。可直接用备份覆盖恢复。
如果系统读少，写多的时候，尤其是并发写入高的时候。InnoDB就是首选了。
两种类型都有自己优缺点，选择那个完全要看自己的实际类弄。