UVA 760 DNA Sequencing

题目大意：给两个DNA序列，求这两个序列的最长公共子串，按字典序输出，长度N<=300

可以直接用O(n^3)的暴力过。用后缀数组时间复杂度为O(nlogn)。。

先遍历height数组求出最大长度，然后再扫一遍height数组，记录最长子串的起始位置。

#include<iostream>
#include<stdio.h>
#include<string.h>
#include<set>
#include<vector>
using namespace std;
int sa[710],r[710],h[710],c[710],x[710],y[710],bel[710];   //bel数组记录当前字符原本属于哪个字符串
char s[710],t[710];
set<int>se;
vector<int>g;

void build(int n,int m){
    int i,j,k;
    for(i=0;i<m;i++) c[i]=0;
    for(i=0;i<n;i++){
        x[i]=s[i]-'a'+1;
        c[x[i]]++;
    }
    for(i=1;i<m;i++) c[i]+=c[i-1];
    for(i=n-1;i>=0;i--) sa[--c[x[i]]]=i;
    for(j=1;j<n;j*=2){
        k=0;
        for(i=n-j;i<n;i++) y[k++]=i;
        for(i=0;i<n;i++) if(sa[i]>=j) y[k++]=sa[i]-j;
        for(i=0;i<m;i++) c[i]=0;
        for(i=0;i<n;i++) c[x[i]]++;
        for(i=1;i<m;i++) c[i]+=c[i-1];
        for(i=n-1;i>=0;i--) sa[--c[x[y[i]]]]=y[i];
        swap(x,y);
        m=0;
        x[sa[0]]=m++;
        for(i=1;i<n;i++){
            if(y[sa[i]]==y[sa[i-1]]&&y[sa[i]+j]==y[sa[i-1]+j]) x[sa[i]]=m-1;
            else x[sa[i]]=m++;
        }
        if(m>=n) break;
    }
    k=0;
    for(i=0;i<n;i++) r[sa[i]]=i;
    for(i=0;i<n-1;i++){
        j=sa[r[i]-1];
        if(k) k--;
        while(s[i+k]==s[j+k]) k++;
        h[r[i]]=k;
    }
}
int main(){
    int i,j,n,m,a,ca=0;
    while(scanf("%s%s",&s,&t)!=EOF){
        if(ca) printf("\n");
        ca++;
        memset(bel,0,sizeof(bel));
        g.clear();
        se.clear();

        n=strlen(s);
        m=strlen(t);
        for(i=0;i<n;i++) bel[i]=1;   //拼接两个字符串
        s[n++]='z'+1;
        for(i=0;i<m;i++){
            bel[n]=2;
            s[n++]=t[i];
        }
        s[n++]='a'-1;
        build(n,30);

        int ma=0,a;
        for(i=1;i<n;i++)  if(bel[sa[i]]+bel[sa[i-1]]==3&&h[i]>ma) ma=h[i];   //求最大长度

        if(ma==0){
            printf("No common sequence.\n");
            continue;
        }
        for(i=1;i<n;i++){               //按字典序记录不同的最长子串起始位置
            if(h[i]>=ma){
                a=sa[i];
                se.insert(bel[sa[i]]);
                se.insert(bel[sa[i-1]]);
            }
            else{
                if(se.size()==2) g.push_back(a);
                se.clear();
            }
        }

        for(i=0;i<g.size();i++){
            a=g[i];
            for(j=a;j<a+ma;j++) printf("%c",s[j]);
            printf("\n");
        }
    }
    return 0;
}