自 PHP 5.3.0 起，PHP 支持基于每个目录的 .htaccess 风格的 INI 文件。此类文件仅被 CGI／FastCGI SAPI 处理。此功能使得 PECL 的 htscanner 扩展作废。如果使用 Apache，则用 .htaccess 文件有同样效果。
除了主 php.ini 之外，PHP 还会在每个目录下扫描 INI 文件，从被执行的 PHP 文件所在目录开始一直上升到 web 根目录（$_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] 所指定的）。如果被执行的 PHP 文件在 web 根目录之外，则只扫描该目录。
在 .user.ini 风格的 INI 文件中只有具有 PHP_INI_PERDIR 和 PHP_INI_USER 模式的 INI 设置可被识别。
两个新的 INI 指令，user_ini.filename 和 user_ini.cache_ttl 控制着用户 INI 文件的使用。
user_ini.filename 设定了 PHP 会在每个目录下搜寻的文件名；如果设定为空字符串则 PHP 不会搜寻。默认值是 .user.ini。
user_ini.cache_ttl 控制着重新读取用户 INI 文件的间隔时间。默认是 300 秒（5 分钟）。