- Linux是什么？一种操作系统，多用户、多任务
- 安装gitforwindows实现部分Linux命令：Windows系统中可以实现上百个Linux命令，但无法安装Linux软件
- 在图形界面打开terminal或看到如下界面，此为我们大部分时候的工作环境
ct:用户名
ehbio：如果是登录的远程服务器，则为宿主机的名字
~：代表家目录，在我们进入新的目录后，这个地方会跟着改变
$：用来指示普通用户输入命令的地方
- Linux所有目录都在根目录下，用/表示。在访问目录是一般加上/指示相对于绝对路径。登录上之后即在家目录下（~或/home/ct）
- 目录结构
- /:根目录，所有的目录、文件、设备都在/之下，/就是Linux文件系统的组织者，也是最上级的领导者
- /bin：bin就是二进制的引文缩写，在一般的系统当中，都可以在这个目录下找到Linux常用的命令。系统所需要的那些命令位于此目录。/usr/bin/usr/local/bin
- /etc (Editable Text Configuration): 这个目录是最重要的目录之一，存放了系统管理时要用到的各种配置文件和子目录。
- /home：如果建立一个用户，用户名是“XX”，那么在/home目录下就有一个对应的/home/XX的路径，用来存放用户的主目录
- /lib: lib是库（library）的英文缩写，主要用来存放系统动态连接共享库。千万不要对这个目录进行操作，发生问题时系统将无法工作
- /mnt: 用于存放挂载储存设备的挂载目录，比如磁盘阵列、U盘等。
- 下面以Win10 + Rstudio +gitforwindows 运行Linux命令为例
Linux基本命令： [ngs0@localhost ~]$ 命令[-选项] 参数1 参数2 ……
说明：命令永远以可执行程序开始；[-选项]的方括号表示该项目是可选的，不需实际输入；不同项之间以空格分隔，命令行以回车结束并即刻执行；Linux区分大小写
8. 常用命令
pwd #显示当前工作目录（print working directory）
cat #查看文件（concatenate files and print）,与<<END连用用于读入大段数据。输入cat <<END之后，回车，会看到终端出现一个大于号，大于号后面可以输入内容，再回车，继续输入内容，直到我们输入END (大写的，与上面一致)，输入过程结束，我们输入的内容都显示在了屏幕上
ls #显示当前文件夹（list）
ls -l #列表显示
ls –l dir #显示目录下dir下的文件
mkdir #新建文件夹 （make directory）
mkdir test #创建目录
cd #切换工作目录（change dir）
cd test #进入test目录
cd ..#后退到上一级目录，.代表上级目录，..代表上一级目录，../../表示上两层目录
cd ./test 等同于cd test
cp #拷贝文件，原文件移动到目标位置（copy）
cp test.sh.file_temp.txt #复制文件
cp test.sh test #复制文件到指定目录
mv #移动或改名文件（move）
mv test.sh temp.sh #移动，不更改目录则为改名
rm #删除文件（remove）
rm test/test.sh #删除文件
rm –r test #删除文件夹
Fastq文件操作
gunzip:解压文件
head example.fq 显示文件头，查看钱6行可使用-n 6
tail example.fq 显示文件尾
less –S example.fq 按页查看文件，-S不换行，空格翻页，q退出
获取所有样品名字
cut -f 1 metadata.txt
获取所有样品名字时跳过第一行
tail -n +2 metadata.txt | cut –f 1
sed替换文字内容
sed ‘s/original/new’文件A：文件A中的原始的替换成新的
例：metadata中Beijing写错了，需要替换为Nanjing
sed ‘s/Beijing/Nanjign/’ metadata.txt
tr：字符替换工具
程序中几个符号
=：一个等号表示赋值
==：表示判断两侧的变量是否相等，如FNR==1，若相等返回True
!=：表示判断两侧的变量是否不相等，若不等，返回False
+=：自加操作a+=1等同于a=a+1
%：取余数
+,-,*,/：加减乘除
&&,||,!：逻辑与，逻辑或，逻辑非
()：一般用于函数中，传递参数
[]：一般用于索引列表或字典，取出列表中第几位元素，或字典中某个key对应的value
{}：代码块，多行语句放在一起，属于一个层级
“”,‘’：双引号和单引号括起的是字符串，bash中双引号中的变量可以解析，单引号不可以。同样的引号不可以嵌套，如awk“{print“ehbio”}”是不对的，要写成awk‘{print“ehbio”}’或awk“{print‘ehbio’}”
/t:代表TAB键
*：代表任意字符
|：管道符，传递数据，上一条命令的输出作为下一条命令的输入
`>`是一个重定向符号，即把前面命令的输出写入到`>`后面的文件中
-：表示标准输入，一般用于1个程序需要多个输入的时候
<：标准输入，后面可以跟可以产生输出的命令，一般用于1个程序需要多个输入的时候
# cat命令之前也用过，输出一段文字
# diff是比较2个文件的差异的，需要2个参数
# - (短横线)表示上一个命令的输出，传递给diff
# < 表示其后的命令的输出，也重定向给diff
ct@ehbio:~$ cat <<END | diff - <(echo "1 2 3" | tr ' ' '\n')
> 2
> 3
> 4
> END
0a1
> 1
3d3
< 4
快捷键：
Tab键：自动补全或提示相关结果
Ctrl+C：中止命令
Ctrl+A：回到命令的行首，用于修改命令或注释掉命令
!!:表示上一条命令
# !!表示上一条命令
# :gs表示替换，把上一个命令中全部的ehbio替换为ehbio3; g: global; s: substitute
ct@ehbio:~/ehbio_project$ !!:gs/ehbio/ehbio3
#cut -f 1 -d ' ' ehbio3.fa | tail -n 4
which:表示查看命令的路径
注意：命令跟参数之间要有空格