目前比较普及的存储引擎是MyISAM和InnoDB。MyISAM与InnoDB的主要的不同点在于性能和事务控制上。
MyISAM特点?
每一个MyISAM表都对应于硬盘上的三个文件。这三个文件有一样的文件名，但是有不同的扩展名以指示其类型用途：.frm文件保存表的定义，但是这个文件并不是MyISAM引擎的一部分，而是服务器的一部分；.MYD保存表的数据；.MYI是表的索引文件。
InnoDB特点？
InnoDB被设计成适用于高并发读写的情况，使用MVCC(Multi-Version Concurrency Control)以及行级锁来提供遵从ACID的事务支持。InnoDB支持外键参照完整性，具备故障恢复能力。
InnoDB使用情况？
InnoDB默认情况下的事务是打开的(set autocommit = 0)就是说每插入一条记录时候，InnoDB类型的表都会把它当作一个单独的事务来处理.所以如果我们插入了10000条记录,而且没有将事务关闭，那么 InnoDB类型的表会把它当作10000个事务来处理，此时插入的总时间是很多的，这个时候一定要首先把事务关掉再插入，这样的速度就很快了 至于Heap和BDB（Berkeley DB），相对来说，普及率不如前两种，但在有些情况下，还是挺适用的Heap存储引擎就是将数据存储在内存中，由于没有磁盘I/O的等待，速度极快。但由于是内存存储引擎，所做的任何修改在服务器重启后都将消失。Heap挺适合做测试的时候使用BDB是MySQL第一款事务安全的存储引擎。在Berkeley DB database library的基础上建立，同样是事务安全的，但BDB的普及率显然不及InnoDB，因为大多数在MySQL中寻找支持事务的存储引擎的同时也在找支 持MVCC或是行级锁定存储引擎，而BDB只支持Page-level Lock。
InnoDB引擎
InnoDB是一个事务型的存储引擎，支持回滚，设计目标是处理大数量数据时提供高性能的服务，它在运行时会在内存中建立缓冲池，用于缓冲数据和索引。
InnoDB引擎优点
1、支持事务处理、ACID事务特性；
2、实现了SQL标准的四种隔离级别；
3、支持行级锁和外键约束；
4、可以利用事务日志进行数据恢复。
5、锁级别为行锁，行锁优点是适用于高并发的频繁表修改，高并发是性能优于 MyISAM。缺点是系统消耗较大。
6、索引不仅缓存自身，也缓存数据，相比 MyISAM 需要更大的内存。
InnoDB引擎缺点
因为它没有保存表的行数，当使用COUNT统计时会扫描全表。
MyISAM引擎
MyISAM 是 MySQL 5.5.5 之前的默认引擎，它的设计目标是快速读取。
MyISAM引擎优点
1.高性能读取；
2.因为它保存了表的行数，当使用COUNT统计时不会扫描全表；
MyISAM引擎缺点
1、锁级别为表锁，表锁优点是开销小，加锁快；缺点是锁粒度大，发生锁冲动概率较高，容纳并发能力低，这个引擎适合查询为主的业务。
2、此引擎不支持事务，也不支持外键。
3、INSERT和UPDATE操作需要锁定整个表；
4、它存储表的行数，于是SELECT COUNT(*) FROM TABLE时只需要直接读取已经保存好的值而不需要进行全表扫描。
适用场景
MyISAM适合：(1)做很多count 的计算；(2)插入不频繁，查询非常频繁；(3)没有事务。
InnoDB适合：(1)可靠性要求比较高，或者要求事务；(2)表更新和查询都相当的频繁，并且表锁定的机会比较大的情况。
表格对比
| 属性 | MyISAM | Heap | BDB | InnoDB |
|---|---|---|---|---|
| 事务 | 不支持 | 不支持 | 支持 | 支持 |
| 锁粒度 | 表锁 | 表锁 | 页锁(page, 8KB) | 行锁 |
| 存储 | 拆分文件 | 内存中 | 每个表一个文件 | 表空间 |
| 隔离等级 | 无 | 无 | 读已提交 | 所有 |
| 可移植格式 | 是 | N/A | 否 | 是 |
| 引用完整性 | 否 | 否 | 否 | 是 |
| 数据主键 | 否 | 否 | 是 | 是 |
| MySQL缓存数据记录 | 无 | 有 | 有 | 有 |
| 可用性 | 全版本 | 全版本 | MySQL－Max | 全版本 |
一些细节上的差别
1、InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引，MySQL5.6之后已经支持（实验性）。
2、InnoDB中不保存表的 具体行数，也就是说，执行select count() from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count()语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的。
3、对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引。
4、DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。
5、LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。
6、另外，InnoDB表的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表。