blast+的本地化构建
1.1程序下载 链接到：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
1.2安装流程
建议安装在非系统盘，如将下载的 BLAST 程序安装到 E:\blast，生成 bin、doc 两个子目录，其中 bin 是程序目录，doc是文档目录，这样就安装完毕了。
1.3用户环境变量设置
右 键点击“我的电脑”－“属性”，然后选择“高级系统设置”标签－“环境变量”(图1)，在用户变量下方“Path”随安装过程已自动添加其变量值，即 “E:\Blast\bin”。 此时点击“新建”－变量名“BLASTDB”，变量值为“E:\Blast\db”(即数据库路径，图2)。
1.4查看程序版本信息
点击 Windows 的“开始”菜单，输入“cmd”（XP系统在运行中输入cmd）（图3）调出 MS-DOS 命令行，转到 Blast 安装目录，输入命令“blastn -version”即可查看版本（图4）：
2．blast+本地数据库的构建
2.1 数据的获取
法 1：直接从 NCBI或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库，或者自己已有的测序数据（格式必须是 fasta，名字可以自己随便命名，具体做法下面有说明 ）。
法 2：从NCBI中的 ftp 库下载所需要的某一个库或几个库，其链接为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/其中 nr.gz 为非冗余的数据库，nt.gz 为核酸数据库，month.nt.gz 为最近一个月的核酸序列数据。下载的month.nt.gz先用winrar解压缩，然后用makeblastdb.exe格式化。
法 3：利用新版 blast自带的 update_blastdb.pl进行下载，这需要安装 perl 程序。
上述三种方法各有优缺点，前两种下载速度较快，但是每次进行检索都需要对数据库进行格式化（转化成二进制数据），第三种方法下载速度较慢，但是是 NCBI 中已经格式化好的，在进行本地检索时不需再进行格式化，直接用即可。
2.2数据的格式化
本文以ratwy.fasta作为查询序列，以rat.fasta作为数据库文件为例进行讲解。首先将rat.fasta放到E：\blast\db文件夹下，然后调出MS-DOS命令行，转到E：\blast\db文件夹下运行以下命令：
格式化rat.fasta命令：makeblastdb.exe -in rat.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype prot
-in参数后面接将要格式化的数据库，-parse_seqids, -hash_index两个参数一般都带上，主要是为blastdbcmd取子序列时使用，-dbtype 后接所格式化的序列的类型，核酸用 nucl，蛋白质用prot；
至此，本地数据库已经建立完毕！！！
3．生成pssm打分矩阵
3.1 在dos环境下进入db文件输入命令：psiblast -db pdbaa.fasta -in_msa k.fasta-num_iterations 3 -evalue 0.001 -out_ascii_pssm pssm2.txt
3.2 使用python或dos命令批量调用3.1代码即可