FSL安装
记录安装软件的过程，最后安装好了还是有些功能不能用，仅供参考。这个软件装上花了我两周时间，中间出了很多问题，网上也没这方面的教程，只有自己不断寻找解决方法，不断尝试
安装方法
FSL的安装方法在官网给了三种
- 运行安装脚本，也是最简便的一种
- 下载软件包
- FSL虚拟系统（类似把Ubuntu装入虚拟机一样，不过那个系统只运行FSL软件）
这里主要说第一种
一、准备工作
我是用虚拟机装的Ubuntu系统，16.04 和18.04版本都试过，不同在于自带的python版本不同，如果是16.04版本，自带有python 2.7。18.04版本自带python 3.5。虽然现在比较流行的是python3，但是FSL软件的安装脚本运行需要python 2的环境。此外Software Updater要更新
1.终端输入python查看版本
2.若需要安装python2的版本，终端输入sudo apt install python即可安装，安装完成后输入python2确认是否成功
3.下载脚本文件https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads_registration 需要填写一个信息表才能下载，可以下载到Downloads里
二、开始安装
1.找到下载的文件夹下面
2.在当前页面右键打开终端，输入python2 fslinstaller.py运行（如果你默认为python2.7，直接输入python fslinstaller.py），后面直接几次回车，默认安装路径为/usr/local/fsl
3.安装结束，输入fsl打开软件
若没有反应可能是环境变量没设置好（以下环境变量设置是网上找的，你也可参考其他环境变量设置方法，目的是将你安装FSL的位置/usr/local/fsl/bin加入环境变量中）
(1)终端输入
Sudo gedit ~/.bash_profile
(2)在打开的文本后面加上
FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
保存退出，重新输入fsl
三、检查软件是否可用（ps这里吃了很大的亏）
1.点击软件中的FSLeyes，看是否能运行。我的出现了错误can not import wx这个错误，我尝试安装wx这个包，但没有用。后来查看安装过程文件，有个这个错误
CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url。Conda无法安装更新，应该是因为FSLeyes运行环境没配置好，这个应该是由安装脚本完成的，但你本身系统缺乏conda命令，也有可能是用conda连接国外服务器下载时受限，所以我两个都一起解决了。
（1）需要先在网上下载anaconda，参考以下链接
https://www.cnblogs.com/gaofighting/p/8799169.html
（2）更改为清华的镜像源，参考以下链接
https://blog.csdn.net/ada0915/article/details/78529877
（3）重新进行上面步骤二的安装过程
2.试试BET大脑提取工具，选择一个文件尝试提取
1.选择路径后直接点GO
2.我这里出现路径之类的问题，等待解决。。。
参考网站
1: fsl官网：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FSL
2: anaconda安装教程：https://www.cnblogs.com/gaofighting/p/8799169.html
3: 更改镜像源教程：https://blog.csdn.net/ada0915/article/details/78529877