网上有很多参考文献，当初我搭建环境的时候，也参考了很多，但是还是想结合自己的经验做一个总结。
一、NDK产生的背景
Android平台从诞生起，就已经支持C、C++开发。众所周知，Android的SDK基于Java实现，这意味着基于Android SDK进行开发的第三方应用都必须使用Java语言。但这并不等同于“第三方应用只能使用Java”。在Android SDK首次发布时，Google就宣称其虚拟机Dalvik支持JNI编程方式，也就是第三方应用完全可以通过JNI调用自己的C动态库，即在Android平台上，“Java+C”的编程方式是一直都可以实现的。
不过，Google也表示，使用原生SDK编程相比Dalvik虚拟机也有一些劣势，Android SDK文档里，找不到任何JNI方面的帮助。即使第三方应用开发者使用JNI完成了自己的C动态链接库（so）开发，但是so如何和应用程序一起打包成apk并发布？这里面也存在技术障碍。比如程序更加复杂，兼容性难以保障，无法访问Framework API，Debug难度更大等。开发者需要自行斟酌使用。
于是NDK就应运而生了。NDK全称是Native Development Kit。
NDK的发布，使“Java+C”的开发方式终于转正，成为官方支持的开发方式。NDK将是Android平台支持C开发的开端。
二、为什么使用NDK
1.代码的保护。由于apk的java层代码很容易被反编译，而C/C++库反汇难度较大。
2.可以方便地使用现存的开源库。大部分现存的开源库都是用C/C++代码编写的。
3.提高程序的执行效率。将要求高性能的应用逻辑使用C开发，从而提高应用程序的执行效率。
4.便于移植。用C/C++写得库可以方便在其他的嵌入式平台上再次使用。
三、NDK简介
1.NDK是一系列工具的集合
NDK提供了一系列的工具，帮助开发者快速开发C（或C++）的动态库，并能自动将so和java应用一起打包成apk。这些工具对开发者的帮助是巨大的。
NDK集成了交叉编译器，并提供了相应的mk文件隔离CPU、平台、ABI等差异，开发人员只需要简单修改mk文件（指出“哪些文件需要编译”、“编译特性要求”等），就可以创建出so。
NDK可以自动地将so和Java应用一起打包，极大地减轻了开发人员的打包工作。
2.NDK提供了一份稳定、功能有限的API头文件声明
Google明确声明该API是稳定的，在后续所有版本中都稳定支持当前发布的API。从该版本的NDK中看出，这些API支持的功能非常有限，包含有：C标准库（libc）、标准数学库（libm）、压缩库（libz）、Log库（liblog）
四、NDK开发环境的搭建
1.下载安装Android NDK
地址：http://developer.android.com/sdk/ndk/index.html
2.下载安装cygwin
由于NDK编译代码时必须要用到make和gcc，所以你必须先搭建一个linux环境， cygwin是一个在windows平台上运行的unix模拟环境,它对于学习unix/linux操作环境，或者从unix到windows的应用程序移植，非常有用。通过它，你就可以在不安装linux的情况下使用NDK来编译C、C++代码了。下载地址：http://www.cygwin.com
a、通过上面的下载地址，下载客户端
点击setup-x86 64.exe，我系统是64位的，根据情况而定。
b、下载好setup-x86_64.exe后运行
c、选择安装方式。第一次可以采用Direct Connection在线下载安装，如有现成的离线包，可以选择离线安装（Install from Local Directory）。
d、选择安装目录。
e、设置本地包暂存路径。暂存目录默认是放到setup.exe的同级目录下，建议放到指定的文件夹，如D:\Cygwin_install_file。安装完成后把这个文件夹打包备份，以后再配置时不用重新下载。
f、设置网络连接方式。这个目前河蟹没爬过来，选第一个即可。
g、选择下载站点地址。据说国内163站点的速度不错，我也是用的这个。
h、等待加载安装项载入，选择安装项。点击Devel-Default，使之变成Devel-Install，展开后可以看到其下的子项被选中了（网上多数教程都说选中某12个包，找起来太坑爹了，直接全下载了吧，全选多了150M左右）。此界面其他设置都不用动。
i、等待下载完成。
测试一下cygwin是不是已经安装好了。
运行cygwin，在弹出的命令行窗口输入：cygcheck -c cygwin命令，会打印出当前cygwin的版本和运行状 态，如果status是ok的话，则cygwin运行正常。
然后依次输入gcc –version，g++ --version，make –version，gdb –version进行测试，如果都打印出版本信息和一些描述信息，则cygwin安装成功！
3. 配置 NDK 环境变量
cygwin配置ok后，需要配置NDK的路径。cygwin的根目录下有个名叫Cygwin.bat的文件，运行后会在cygwin的根目录下有个home的目录，里面有个名叫.bash_profile的文件，打开后设置一下NDK的path，例如NDK=/cygdrive/d/shift/mysoftware/android-ndk-r9d
保存后退出，再次进入cygwin后，cd $NDK进入ndk的目录则说明这里设置NDK的环境是ok了。
4. 配置 C/C++ 的编译器
a．打开 eclipse ，导入ndk 自带的hello-jni 例子，右键单击项目名称，点击 Properties ，弹出配置界面，之后再点击 Builders ，弹出项目的编译工具列表，之后点击 New，新添加一个编译器，点击后出现添加界面，选择 Program ，点击 OK。
b．出现了添加界面，首先给编译配置起个名字，如： C_Builder，设置 Location 为 < 你 cygwin 安装路径 >\bin\bash.exe 程序，例：C:\cygwin64\bin\bash.exe，设置Working Directory为<你 cygwin 安装路径 >\bin 目录，例如：C:\cygwin64\bin，设置 Arguments 为 --login -c "cd /cygdrive/d/shift/mysoftware/android-ndk-r9d/samples/hello-jni && $ANDROID_NDK_ROOT/ndk-build"
c．接着切换到 Refresh 选项卡，给 Refresh resources upon completion 打上钩
d．然后切换到 Build Options 选项卡，勾选上最后三项
e．之后点击 Specify Resources 按钮，选择资源目录，勾选你的项目目录即可
f．最后点击 Finish，点击 OK 一路把刚才的配置都保存下来，注意：如果你配置的编译器在其它编译器下边，记得一定要点 Up 按钮，把它排到第一位，否则 C 代码的编译晚于Java代码的编译，会造成你的 C 代码要编译两次才能看到最新的修改。
g．编译配置也配置完成啦，现在来测试一下是否可以自动编译呢，打开项目 jni 目录里的 hello-jni.c 文件把提示 Hello from JNI! 改成其他的文字：如： Hello ， My name is alex. ，然后再模 拟器中运行你的程序，如果模拟器中显示了你最新修改的文字，那么 Congratulations ！你已经全部配置成功啦！
小结：
1. 刚开始的时候以为用NDK单独编译c/c++文件是不行的，会弹出：
Android NDK: Could not find application project directory !
Android NDK: Please define the NDK_PROJECT_PATH variable to point to it.
我感觉貌似这个是需要配合java的app一起编译的，后来无意间发现只要将source code放在jni目录下进行编译就ok了。
个人觉得还是minGW好使。
2. 个人觉得，c/c++的编译环境不需要单独配置也是ok的，看个人喜好
具体步骤：
a、在eclipse中已经存在的项目中建一个目录，命名为jni
b、将native部分的code已经Android.mk放到jni目录下
c、打开cygwin，cd到当前的jni目录下，执行$ANDROID_NDK_ROOT/ndk-build，这样就会在eclipse的项目中生成so
d、这样运行这个app，就会同样加载so到app中，运行的结果如下（说明是ok的）
参考文献：
http://www.cnblogs.com/devinzhang/archive/2012/02/29/2373729.html
http://www.cnblogs.com/baronzhao/archive/2012/07/10/2585181.html