前言：记录在自学生信过程中所遇到的一些问题，如何去解决的。希望我的经验可以对他人有帮助。
一：执行zcat cz2_1.fq.gz，屏幕出现了群魔乱舞，想要恢复到正常的命令行模式下。
1、直接终止正在运行的程序，使用ctrl+c。
2、让程序进入后台运行，使用ctrl+z，进行暂停程序。
jobs -1 看看后台的程序
bg 1 后台运行刚刚暂停的程序
二：在使用bwa建立index后，align总是出现各种问题，弄了一个多星期。
尝试更新bwa，使用bowtie2
错误提示：none of --samples-file, --ploidy or --ploidy-file given, assuming all sites are diploid
内存不够 ，加上-t 参数就可以了。
bwa mem -t 2 zs.index/zs.ref.fasta cz2_1.fq.gz cz2_1.fq.gz >cz2.sam
三：利用bwa建立index遇到的问题
错误提示：
使用的错误命令是：
解决办法：
遇到这种情况，改用bowtie2了。
Bowtie2也遇到这种问题，那就不是软件的问题了，而是操作的问题。
Bowtie2的解决办法是: index文件是 ~/reference/index/bwa/hg19/hg19.index
注意最后一个是文件 hg19.index ，hg19文件夹里面是建好的index文件，最后一个文件是index五个文件的共同前缀。
四、GATK 下载之后无法运行的问题。
只出现这个，没有下文了。
看生信技能树中讲到这个命令是可以运行的，gatk版本也是4.0，那是哪里出问题了呢？看看说明：java必须要在1.8以上，我的只有1.7,找到原因了。
那就是 更新java到1.8就可以了。
简要介绍：下载java-解压-修改PATH。