跟体制与专业有关，体制关系大一些。
1、体制上
其实软件公司也是有区别的，有的是传统软件，有的是互联网。一般你看到工资更高的是互联网行业。互联网行业基本上都是纯市场化的，从头到脚完全跟体制毫无关系。这就注定了这个行业是纯粹的市场竞争，而不是靠关系。在市场关系下，决定公司成败的关键就是公司的产品本身，而不是关系。这就注定了产品质量最重要，而研发产品的程序员就是最吃香的了。
反过来你可以问问做外包的传统软件公司的程序员，其实工资也压榨的很厉害。因为很多大项目是从体制内拉来的，只有关系上的竞争，没有专业上的竞争。比如我做一款内部流程软件，因为是老板靠关系谈下来的，谈下来就不会变了。我可以要求用户必须用WindowsXP系统，IE7浏览器，别的就不支持，反正是领导定的。但如果知乎只支持IE7，你看看还有谁用？
2、雇佣关系
私营企业，没人吃大锅饭，企业很可能随时死掉。正所谓高风险高收益，你不能保我一辈子，自然要给高工资。而无大锅饭的牵制，员工也更容易流动。员工流动，雇主就要留住员工，雇主之间产生了竞争，于是程序员的工资就提高了。但也并非这么简单，更重要的是，这个行业总是缺少靠谱的员工，供不应求，为啥？看第三点。
3、专业上
程序员行业的确比较难。我也跟做传统行业的同学聊过，是，有的同学也比较辛苦。但说实话，辛苦和辛苦不同，农民工更辛苦。有的辛苦是体力上的，有的辛苦则是脑力上的。做传统行业的同学可以扪心自问，你们除了刚进行业那段时间之外，还有多少精力花在学习上？做一个案子和另一个案子之前有多大区别？尼玛程序员一辈子都在学习在挑战啊！如果你这次的项目跟下次的项目没啥大区别，如果你程序写得好，改个配置文件就好了。而公司需要程序员，就是因为每个项目跟每个项目都不一样，一个比一个难。刚开始你的东西几十万人用，后来就几千万上亿了，原来的解决方案不能用了，你就得研究新东西，甚至你做的东西世界上没有其它人做过，巨费脑细胞啊。其实我相信，传统行业也是有很多挑战的，但各位其实知道的，因为体制的原因（见1和2），国有企业对于创新和挑战极致的动机并不大。体制给了贵行业稳定的垄断市场，创新和极致都是不需要的，只要自己的工作不出大错就已经可以了。但在软件行业，一点点的体验差距很可能就会导致用户流失，以至于公司倒闭，丢掉饭碗，所以我们得做得更快更完美才能留得住用户。
所以我说体制的原因更大一些。如果传统行业放开垄断制约，企业优胜劣汰，追求极致，员工跳槽跳起来，传统行业的薪水也会大幅提高。但，铁饭碗就没有了，人浮于事的家伙会被淘汰。有得即有失，总不能啥好处都让自己拿了吧。
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盈利性机构之中，职员收入一般由两个要素决定：职员能产出的价值，候选人的供需情况。
职员能产出的价值，决定了薪水的上限。供需情况，决定了实际薪水与上限的距离。
辛苦程度、需要预先学习年限、工作经验、候选人的绝对数量，全都和薪水没有直接关系。
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职员能产出的价值，决定了薪水的上限。
这个比较好理解。如果一个职员只能为老板赚10块钱，那么正常情况下，他的收入就不会超过10块钱。一个血汗工厂的员工，一天做100双鞋，一双鞋毛利润比如说50块钱，那么他的个人收入就不可能超过5000元。老板都是逐利的。
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候选人的供需情况，决定了实际薪水与上限的距离。
供给相对于需求越高，薪水就越低；供给相对于需求越低，薪水就越高。这是一个简单的供需关系。直观地来说，老板如果找不到合适的人就赚不到钱，那他就必须提高薪水来吸引员工。当然，正常情况下再高也高不过之前提到的上限。
如果一个老板有个金矿，只需要招矿工来挖就有很高的产出。但金矿的矿工会非常高吗？并不会。因为能做矿工的人到处都是，这个人要的工资高，老板大不了可以去雇别人。所以矿工的议价能力比较低。
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那我们再来看看为什么程序员收入高。
其实并不是所有的程序员收入都高。有很多偏传统行业的程序员，工资并不那么令人羡慕。
收入高的程序员一般要么涉及互联网，要么涉及一些大规模使用的软件。
这是因为，软件和互联网服务的边际成本几乎为零。边际成本，就是每多生产一单位产品所产生的成本。它包括生产所需的人工、物料等等。与之对应的成本，叫做固定成本，也就是无论你要生产多少单位的产品都得要支付的成本，这包括研发、营销等等。
软件和互联网服务每多服务一个人，一般也就是多一点电费和网费，成本几乎没有，扩张可以非常迅猛。这意味着几乎所有收益都可以摊到研发（程序员）和管理人员身上。因此这些行业的薪水上限天然地要高于一般制造业。像whatsapp这样几十个人就服务几亿人，在传统行业是不可想象的。传统行业，比如格力，在生产中要支付大量的生产成本、物流成本、销售成本，即便销售收入远超互联网大多数企业，但也不可能让大多数员工的工资高起来。
与此同时，程序员的数量相对于需求，却也远远不够。
之前就有“创业万事俱备只差一个程序员了”这种笑话，但其实也是反映了现实情况：程序员的供给显著小于需求。我们很少听说“万事俱备只差一个会计/行政/机械设计工程师”之类。在这种情况下，程序员的工资就会相对接近于上限。
两个条件叠加在一起，就造成，程序员这个群体的工资相对比较高。
Quant、投行等等的工资高，也是同样的原因。
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在价格（薪资）的影响下，势必有其他行业的人涌入程序员行业。这是一个市场的正常现象，也是一个好的现象。因为既然程序员需求这么大，盈利性机构普遍愿意为程序员支付这么高的工资，这就说明程序员确实产出了价值。从不能产出那么高价值的行业将劳动力转移到能够产出更高价值的行业，这是有利于社会发展的。而随着这个趋势，程序员的数量会大大上升，供求关系会趋于平衡，而程序员的工资也就会相对降低。
可能很多人都忘记了，1990年代末2000年代初的时候，私营企业大发展。社会忽然发现财会人才不够用了。当时财会的工资相对较高，工作非常好找，很多人上大学就奔着财会去了，很多在职的人就业余学习财会，转行做会计之类的工作了。这是一样的道理。只不过现在稀缺的是程序员而已。
整个就业市场都是这样的道理。而且并不仅仅是整个行业会有这种特点，具体的岗位也会有这样的特点。比如说同样是程序员，计算机视觉方面的程序员工资就尤其高。
对于个人职业发展也需要考虑这两个问题。如果想要有比较好的收入，就要考虑，哪个岗位能够产出的价值高，同时供给相对于需求还很少。