操作系统：linux
- （1）FreeSurfer5.3.0下载
下载网址
ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/5.3.0-HCP
- （2）安装
安装说明网址：
http://freesurfer.net/fswiki/DownloadAndInstall
第一步：在终端里输入以下内容，把安装包厢解压到需要安装的路径去。
$sudo tar -C /usr/local –xzvf freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.3.0-HCP.tar.gz
第二步：配置环境变量
在终端里输入以下内容：
## bash
$> export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
$> source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
第三步：注册获得许可
# register and get liceence
去安装说明的网址，找到注册的地方，填入信息。
在邮箱里收到了4行文字，是我们获得的许可证。
第四步：应用许可证
建立一个license.txt，把那4行文字复制进去。
用管理员权限，把license.txt复制到freesurfer的安装路径中去。
sudo cp 替换成你放置这个文件的路径/license.txt $FREESURFER_HOME/
比如：sudo cp /home/license.txt $FREESURFER_HOME/
- （3）测试是否安装成功
1）复制一个文件到一个指定的测试文件夹去
$ cp $FREESURFER_HOME/subjects/sample-001.mgz /homefreesurfer_license
2）打开这个测试的文件夹，即使的终端工作在这个文件夹下
$ cd/home/freesurfer_license
3）使用freesurfer的命令
$ mri_convertsample-001.mgz sample-001.nii.gz
4）结果显示如下：
it showsthe following:
mri_convertsample-001.mgz sample-001.nii.gz
$Id:mri_convert.c,v 1.179.2.7 2012/09/05 21:55:16 mreuter Exp $
readingfrom sample-001.mgz...
TR=7.25,TE=3.22, TI=600.00, flip angle=7.00
i_ras =(-0, -1, -0)
j_ras =(-0, 0, -1)
k_ras =(-1, 0, 0)
writingto sample-001.nii.gz...
到此处为止，安装成功了。但是每次都需要手动配置环境变量，如果希望可以打开直接就能用，就需要自己把freesurfer的安装路径配置到系统环境变量文件里。