Gene Expression Omnibus（GEO）是一个公共存储库，可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列，新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据。 除数据存储外，还提供一系列基于Web的界面和应用程序，以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式。
GEO的数据储存方式
GEO数据库具体存放四类数据：GSE、GDS、GSM、和GPL。
一个GSE号（GSExxx）对应的是整个研究项目的系列的数据，可能涉及不同平台；
一个GDS号（GDSxxx）对应的一个同一平台的数据集， 这些包括从微阵列和高通量序列技术生成的数据，例如：
一个GSM号（GSMxxx）对应单一样品的数据信息，它只能是单一平台的数据，往往，GSE 和GDS中会包含多个GSM数据；
一个GPL号（GPLxxx）则对应一个平台的信息，一般不接触的。
另外，GEO Profiles数据库是GEO工作人员根据用户提交的数据整理后的数据，倾向于某个基因在不同数据集中的表单情况。
GEO的数据检索与下载
GEO数据库支持关键字检索和布尔逻辑，和使用pubmed非常相似，一般我们都是在GEO DataSets数据库中检索。例如检索乳腺癌，如下所示：
1. 搜索乳腺癌“BreastCancer”，即可获得所有乳腺癌的芯片数据。
2. 选择需要研究的芯片点击进入
3.点击样本分类号，就可以跳转到下载页面，下载SOFT、MINiML和RAW等数据。
4. 在该样本中还可以进行分析，例如分析BRCA1基因表达谱，可以发现Profile neighbors链接，即表达谱相近的基因，这就是我们需要寻找的与BRCA1相关的有可能共表达的基因了。
5. 对所有该基因的表达谱分析后，同样可以获得可能的信号通路。
R包安装与下载数据
> # try http:// if https:// URLs are not supported
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("GEOquery")
利用GSE号下载
通过阅读文献查找感兴趣的GSE号，下载对应的表达数据和平台信息等，可以利用GEOquery中的getGEO()函数下载series_matrix.txt。例如GSE57820：
> library(GEOquery)
> # destdir设置当前目录，getGPL 和AnnotGPL都设置TRUE，可以下载和获得平台的注释文件
> GSE57820 <- getGEO("GSE57820", GSEMatrix =TRUE, destdir = ".", getGPL = T, AnnotGPL = T)
利用GDS号下载
> GDS6100 <- getGEO("GDS6100", GSEMatrix =TRUE, destdir = ".", getGPL = T, AnnotGPL = T)
利用GSM号下载
利用GSM号下载的是单样本的表达数据，例如GSM1394594：
> GSM1394594 <- getGEO("GSM1394594", GSEMatrix =TRUE, destdir = ".", getGPL = T, AnnotGPL = T)
利用GPL号下载
针对芯片平台，利用GPL号下载得到的数据是芯片的设计和注释信息，可以获得探针组和基因的对应关系，例如GPL10558：
> GPL10558 <- getGEO("GPL10558", GSEMatrix =TRUE, destdir = ".", getGPL = T, AnnotGPL = T)
参考资料
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html