WES流程pipline

一） 安装流程软件

下载软件，配置环境变量，这里不做介绍

在/home/jxdong/WES/下建立以下文件夹：mkdir {raw,qc,clean,result,src}

NCBI/public/sra：放置下载的原始sra数据（自动生成的）

raw文件夹:将sra原始数据处理成fastq数据

src文件：放置流程中所用脚本，shell

qc文件夹：用于存放qc结果

doc文件：用于放置配置文件

clean 文件夹：放置过滤后的数据

result文件夹：用于放置流程每一步的结果文件

二）查看原始数据

三）对数据质控与过滤

#####cat step1_qc.sh
#################质控(fastqc)##################
find /home/jxdong/WES/raw/  -name *gz |xargs fastqc -t 10 -o /home/jxdong/WES/qc
############必要的文件制作##################
find /home/jxdong/WES/raw/  -name *gz | grep 1.fastq.gz > /home/jxdong/WES/doc/read1.txt
find /home/jxdong/WES/raw/  -name *gz | grep 2.fastq.gz > /home/jxdong/WES/doc/read2.txt
paste /home/jxdong/WES/doc/read1.txt /home/jxdong/WES/doc/read2.txt > /home/jxdong/WES/doc/read_1_2.txt
###########trim_galore过滤###############
cat /home/jxdong/WES/doc/read_1_2.txt |while read line
do
    arr=(${line})
    fq1=${arr[0]}
    fq2=${arr[1]}
    echo  $fq1 $fq2
    trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 -e 0.1 --stringency 3 --paired -o /home/jxdong/WES/clean $fq1 $fq2
done
####投递脚本
nohup bash  step1_qc.sh &