由于课题组在深圳超算的空间只有1T，很多数据都必须下载到本地电脑来分析轨迹，所以在本地windows系统电脑上安装虚拟机和amber软件是一个非常不错的选择。
第一步，安装VMware12，我建议不要安装最新版的，尽量选择最稳定的版本，我之前选过14版，结果连不上网。
第二步，选择操作系统，我刚开始折腾选择的是ubuntu，后来发现安装amber函数库无法安装的问题，后来换了cent os7最新的系统，发现无法挂载mnt/hgfs/ubuntu共享文件夹，所以折腾一天之后又换了系统，换成了cent os6.9，这样才搞定，说明系统还是下载最稳定的好，不要求新。
sudo apt-get install csh flex gfortran g++ xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev patch python-tk python-matplotlib
第三步，装好cent os之后，将amber软件包拷贝至/home/software目录下,
装Amber的依赖库（cent os和ubuntu有区别，下面是cent os版）
sudo yum install gcc gcc-gfortran gcc-c++ flex tcsh zlib-devel bzip2-devel libXt-devel libXext-devel libXdmcp-devel python-devel tkinter numpy scipy python-matplotlib openmpi openmpi-devel perl perl-ExtUtils-MakeMaker patch bison
第四步，解压ambertools14和amber14：（
amber12同方法）
cd /home/myname
tar xvfj AmberTools14.tar.bz2 # (Note: extracts in an # “amber14” directory)
tar xvfj Amber14.tar.bz2 # (only if you have licensed Amber 14!)
第五步，设置环境变量：
export AMBERHOME=/home/myname/amber14
source /home/myname/amber14/amber.sh
如何使amber12的话
export AMBERHOME=/home/myname/amber12
export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin
保存。source .bashrc
第六步，gnu编译安装后，便可以使用了
./configure gnu
make install
make test