生物信息之多序列比对，进化树分析，保守位点分析

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序列下载与整理

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网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

下载fasta格式序列

• 输入你想查找的序列，比如Syp基因
  

• 进入基因详细信息页面
  

• 点击Genbank
  

• 如图所示可以下载到fasta格式的序列，注意这里下载的是基因或者蛋白质的全序列
  

• 假如你希望得到promoter的基因，可以在如图所示的位置输入起始位点和终止位点

  • 一般promoter的位点不确定，可以通过将起始位点左右2kb基因视为promoter
  • 比如：如图起始位点为7638580，那么起始位点要减500，终止位点加1499，这时需要在from输入7638080，to输入7640079（得到长度为2kb的序列）
  • 点击Update view 按钮
  • 然后和同上一步下载fasta序列
    

合并多个fasta文件

• 下载多个序列后，我们将下载的序列整理到特定文件夹下，比如D:\Download\fasta_files，就像这样：
  
• 你的fasta_files文件夹里应该是这样的
  

• 返回D:\Download路径下，在文件夹空白地方Shift+右键，点击在此处打开命令窗口
  

• 输入

  type fasta_files\*.fasta > all_sequence.fasta

  

• 现在，在你的文件夹下应该类似这样的：
  
• 得到整合文件 all_sequence.fasta（这个文件也可以通过记事本打开，下面软件为UE）
  

多序列比对

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Clustalw，Clustalx 与 MEGA的下载安装

Clustalw 下载链接：http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1-win.msi
Clustalx 下载链接：http://www.clustal.org/download/current/clustalx-2.1-win.msi
MEGA 下载链接：http://www.megasoftware.net/releases/MEGA7.0.26_win64_setup.exe

序列比对

• 打开MEGA，进入序列比对分析
  

• 载入fasta序列
  

• 使用Clustalw 比对序列，参数默认点OK
  

• 跑出来的结果需要编辑第一列只留下物种名，序列去掉5’,3’端的空序列（因为要比对序列同源性，最好把显示 - 的序列去掉，使多序列的两端整齐，类似矩阵）
  

• 导出fasta格式和MEGA格式两种格式
  

• 打开Clustalx 加载刚刚比对完的fasta格式（注意是比对完的，文件后缀名为.fas）
  

• 导出可视化文件，参数默认点OK
  

• 得到可视化的多序列比对结果，打开类似这样（打开用到的软件为Adobe Acrobat）
  

进化树分析

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• 打开MEGA，载入meg文件
  

• 参数设置（这里是核酸序列）
  

• 得到进化树
  

• 导出与美化
  

美化参考：http://www.sohu.com/a/130616941_278730

保守位点分析

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• 输入网址

  MEME : http://meme-suite.org/tools/meme

• 上传fasta序列（这里的序列是整合后的文件，文件后缀.fasta）,并输入参数（这里设置motif为10）
  

• 得到保守位点分析结果