《生命科学50讲》课程笔记2--如何驱动生命

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当活力论被推翻后,生命的神秘面纱被打破,人类就产生了制造生命的冲动。

制造人工生命首先要解决的是制造生命的基础物质,如氨基酸,再到复杂物质,比如蛋白质,在这上面,人类已经取得了大量突破。

但是还缺什么呢?我们知道,死去的鸭子和活着的鸭子,其物质构成并没有什么不同。

给物质赋予活力的东西是什么呢?----能量。

活着就是对热力学第二定律

  • 热力学第二定律

        任何一个孤立系统里,总体的混乱程度,只会增大,不会变小,直到达到混乱的最大化。

        咖啡和牛奶混在一起之后会逐渐融合,形成一个新的稳定系统。

        在没有外力的干扰下,随着时间流逝,双方的分子都会逐渐向对方空间扩散。

        而系统的混乱程度被称为“熵”。

生命是及其有序的现象,复杂的生物化学反应在生物体内发生,百亿个细胞在一个生物体内自发分工协作运转。

要维持这些有序的现象,就必须要有持续的能量输入,来对抗热力学第二定律。

薛定谔说,一个动物想要活着,就得持续不断地吃下去混乱度较低,熵也较低的食物,然后排泄出混乱度高,熵高的粪便。

那么能量从哪里来?

能量之源--葡萄糖

能量并不稀缺,宇宙中到处都是。

生命对于能量的利用,是先把环境中的能量转换为自身的能量储备,先存储起来,然后再根据机体的需要使用。

德国化学家玛格拉夫从葡萄干里分离出了一种化学分子--起名葡萄糖。

这种物质大家发现似乎到处都有,很多生物体内都可以提取。

对于今天的地球生命而言,葡萄糖是一个普遍的能量来源。

即便是可以直接利用太阳能的植物,也是先利用太阳能制造葡萄糖,再消耗葡萄糖驱动生命活动。

而对于动物来说,是从食物中获取葡萄糖,消耗葡萄糖,驱动生命活动。

生命为什么选择了葡萄糖?

葡萄糖的分子机构稳定,一旦被制造,可以存储相当长一段时间。一旦有了葡萄糖,植物就可以摆脱太阳落山后没有能量的威胁。

制造葡萄糖的原料极容易获得。

能量货币--ATP

葡萄糖释放能量,不会直接提供给生命使用,而是要借助ATP。

ATP是一种化学性质极其活跃的物质,很容易和周围的物质发生反应。

为什么要有ATP?

要是葡萄糖分解释放能量直接供身体使用,有以下几个问题:

  1. 身体很多地方都需要能量,每一个细胞都有很多需要能量驱动的化学反应,总不能每个地方都有几个葡萄糖分子备用。
  2. 一个葡萄糖分子里蕴含的能量很大,一次根本用不完,很多能量就会被浪费。
  3. 葡萄糖分解会产生乳酸、酒精,二氧化碳这样的废物,废物要集中处理和排放。所以葡萄糖要供能,需要一个中介,这个中介存储的能量比较小,不会产生废物。这就是ATP。
  4. ATP可以起到宏观调控和发挥规模效益的作用。

生物体只需要控制具体时间身体各个部位总共需要多少个ATP,然后这些ATP再在全身流动,送到具体部位就可以了。

每个葡萄糖分子能生产多少个ATP?

科学家发现,彻底分解葡萄糖能产生的ATP数量居然是不确定的。

照化学原理来说,葡萄糖分解释放的能量是可以精确计算出来的,无非就是改变葡萄糖分子的化学键到底能释放多少个能量,而生产一个ATP需要的能量也可以计算出来。

这个问题堪称20世纪生物学最大的谜团。

后来英国人彼得.米切尔宣称其他科学家都走错了路,虽然葡萄糖分解是个化学反应,ATP合成也是个化学反应,但是生物体内ATP的合成根本就不是个化学问题。他提出了水力发电站模型,终结了这一问题。

生物体制造能量货币ATP的过程在原理上就和抽水蓄能电站差不多。

水电站在白天用电高峰的时候,开闸放水,上游的水到下游产生势能冲击电机发电,而到了晚上不需要用这么多电的时候,电机发的电用来驱动一个水泵把水从下游抽回上游,积蓄势能。

葡萄糖分解的能量就像是水泵,把下游的水抽上上游,积累更多势能,然后开闸放水,水流冲击水力发电机的叶片,就能生产能量货币ATP。这就完成了葡萄糖到ATP的能量转移,这里ATP并不是由葡萄糖分解产生的,葡萄糖分解的能量只作为水泵抽水用,ATP是水流冲击发电机叶片由发电机产生的。(葡萄糖分解不是产生ATP.是产生能量把ADP转化成ATP,按照课本上的说法就是葡萄糖分解释放的能量储存在ATP中)

按照米切尔的模型,细胞里必须得有一些东西能够形成物理屏障,阻挡住物质的流动,这样才能存储势能。

并且,这道屏障两侧,肯定有巨大的物质浓度差。

后来科学家在细胞内生产ATP的地方找到了叫做线粒体的细胞器(膜厚度只有5纳米,但是两侧的氢离子浓度差十分显著,电压强度差就有150毫伏)

细胞内的微型水电站,可以根据细胞内的能量需求,来自由决定生产ATP的效率,需求大的时候就多放一些,需求少的话就先积蓄起来。那么,一个葡萄糖能生产几个ATP,自然就不是一定的了。

1994年,米切尔的英国同行约翰.沃克利用X射线衍射的方法,获得了模型中的水力发电站的立体结构。

这个叫做ATP合成酶的蛋白质,样子就像个发电机。它有一个可以转动的旋转头,旋转头有三个叶片。

当氢离子流动的时候,能够带动旋转头旋转,每旋转120度就产生1个ATP。

为什么ATP要这么麻烦的产生

根据水力发电站模型,生命体制造ATP的过程,绝大数不是化学反应,而是借助了细胞里面薄薄的膜作为屏障,借助氢离子浓度差存储势能,借助ATP合成酶做微型水力发电机来制造。

为什么要使用这种方法呢?使用化学反应就可以产生ATP了,而且更精确和稳妥。

近来的一些研究提供了一种答案,这种方式并不是被生命选择的,而是这种方式本身催生了地球生命的出现。

进化生物学家推测出,几十亿年前,地球生命有共同的祖先LUCA,科学家分析了现存六百多万个基因的DNA序列,确认了有355个基因广泛存在于主要的生物门类。

科学家猜测,这355个基因应该存在于LUCA体内,它们有着极端重要的生物学功能,以至于跨越了30多亿年,一直保存至今。

而ATP合成酶基因就在里面。

生命在生产ATP的时候,有了ATP合成酶这个水泵,还要存在一个天然的离子浓度差的环境。

科学家在大洋深处发现了一些海底喷泉,那里持续喷发热量和化学物质,在喷泉附近确实存在天然的物理屏障和离子浓度差。

在海底存在一些非常深的裂缝,一直通到地壳深处甚至地幔。海水在这些裂缝被加热,沿着裂缝喷涌而出,也带出了很多化学物质。

接近海底缝隙的地方物质浓度就较高,而喷射的化学物质会逐渐沉淀下来,这些沉淀的岩石往往具有疏松的结构,里面有很多细小的孔洞,这些孔洞形成了天然的物理屏障,可以阻止化学物质的自由扩散。

这就很容易积蓄起高浓度的离子浓度差。

这个浓度差一旦被ATP合成酶这样的蛋白质分子机器所利用,那么就可以生产出ATP。

当LUCA掌握了这种制造能量的技能后,他就可以离开海底裂缝。

当它拥有了积蓄氢离子的水泵,存储氢离子的水坝,可以制造ATP的发电机,可以长期存储能量的葡萄糖,就可以开启生命活动了。

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