概念
宏基因组（Metagenome）：即环境中全部微小生物遗传物质的总和，包含了可培养的和未可培养的微生物的基因；
宏基因组学 ：以特定环境下微生物群体基因组为研究对象，利用新一代高通量测序技术（NGS）研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等；
（直接对某一特定环境中微生物基因组进行分析，可得到群落中各种微生物的分类 信息及所有微生物的基因信息，有助于对群落潜在的功能进行深入分析）
应用：***（重点）
分析技术（套路）
1、测序数据质量评估，去接头、低质量（ Trimmomatic/fastp ）
2、拼接（MEGAHIT，资源消耗少，时间消耗短，组装结果优，reads利用率高）
3、基因预测（MetaGeneMark, 对预测的结果进行过来处理，比如，过滤掉小于100bp的核酸序列）
4、去除冗余，构建基因集（cd-hit, cd-hit-est）
5、基因丰度分析（bowtie2 比对 进行丰度统计比对，条件：比对上，质量值大于1）
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6、差异基因分析（包括轶和检验、LEfSe组间差异分析、STAMP差异分析）
7、基因注释 （软件：diamond 数据库NR、KEGG、COR、CAZy、CARD）
8、物种注释（LCA NCBI Taxonomy）
aphla多样性分析（稀释曲线、累积曲线、多样性指数)
beta多样性分析（PCA、PCoA、Anosim、NMDS）
分类组成分析（物种分类、物种丰度、聚类分析、Venn 图、三元相图、GraPhlAn）