R 语言--接收命令行参数

1 、commandArgs(),是R自带的参数传递函数，属于位置参数。

args=commandArgs(T)
print (args[1])
print (args[2])
print(args[3])
print(args[4])

运行

Rscript test.R 1 3

Rscript test.R 1 3 4 5

测试2

Args <- commandArgs()
cat("Args[1]=",Args[1],"\n")
cat("Args[2]=",Args[1],"\n")
cat("Args[3]=",Args[3],"\n")
cat("Args[4]=",Args[4],"\n")
cat("Args[5]=",Args[5],"\n")
cat("Args[6]=",Args[6],"\n")
cat("Args[7]=",Args[7],"\n")

补充说明：

在unix、windows外部需要调用R脚本执行，然后又需要输入不同的参数，类似shell脚本的命令行参数输入，可以使用Rcript命令实现。
命令格式：Rscript [options] [-e expression] file [args]
file表示需要执行的脚本，[options] [-e expression] 可以有也可以不用。
[args]是参数列表。

首先需要在file文件中的第一行加入：

Args <- commandArgs()
然后按照以下格式执行

Rscript *.R 参数1 参数2 ...
在file脚本中，可以引用参数Args，
Args[1]= "/usr/local/lib64/R/bin/exec/R"
Args[2]= "--slave"
Args[3]= "--no-restore"
Args[4]="--file=a.r"
Args[5]="--args"
Args[6]==参数1
Args[7]==参数2

可见输入的参数从第六个和第七个开始。

2、getopt()函数

是getopt包的函数，需要先安装getopt包

install.packages("getopt")

getopt(spec = NULL, opt = commandArgs(TRUE),command = get_Rscript_filename(), usage = FALSE,debug = FALSE)

spec：一个4-5列的矩阵，里面包括了参数信息，前四列是必须的，第五列可选。

第一列：参数的longname，多个字符。

第二列：参数的shortname，一个字符。

第三列：参数是必须的，还是可选的，数字：0代表不接参数；1代表必须有参数；2代表参数可选。

第四列：参数的类型。logical；integer；double；complex；character；numeric

第五列：注释信息，可选。

usage：默认为FALSE,这时参数无实际意义，而是以用法的形式输出。

library('getopt')
spec = matrix(c(
  'verbose', 'v', 2, "integer",
  'help'   , 'h', 0, "logical",
  'count'  , 'c', 1, "integer",
  'mean'   , 'm', 1, "double",
), byrow=TRUE, ncol=4)
opt = getopt(spec)
print(opt$count)
print(opt$mean)

制作脚本帮助

 
  command=matrix(c( 
  "bam" 
  , 
  "b" 
  ,1, 
  "character" 
  , 
 

 
                    
  "bed" 
  , 
  "d" 
  ,1, 
  "character" 
  , 
 

 
                    
  "png" 
  , 
  "p" 
  ,1, 
  "character" 
  , 
 

 
                    
  "help" 
  , 
  "h" 
  ,0, 
  "logical" 
  ),byrow=T,ncol=4) 
 

 
  args=getopt(command) 
 

 
  if  
  (! 
  is 
  . 
  null 
  (args$help) ||  
  is 
  . 
  null 
  (args$bam) ||  
  is 
  . 
  null 
  (args$png) ||  
  is 
  . 
  null 
  (args$bed)) { 
 

 
  cat(paste(getopt(command, usage = T),  
  "\n" 
  ))

q()

}

R 语言--接收命令行参数

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