使用AMBER中遇到的一些问题

1. 读取无配体pdb文件（loadpdb complex.pdb）时，出现一堆 FATAL: Atom .R<ARG 18>.A<HD1 27> does not have a type 错误，导致 check不过关，也无法 saveamberparm：

错误原因：AMBER不能识别用户PDB文件里特定残基(<ARG 18>)的H原子

解决方法：我遇到的问题是很多H原子都无法被识别，所以解决方法比较直接，删除所有氢，再根据AMBER的规则，重新添加H：

1) 使用pdb4amber删除所有氨基酸的H：

pdb4amber -i WT.pdb -o WT_noH.pdb -y --dry

pdb4amber的帮助信息如下：

$ pdb4amber -h

Options:
  --version            show program's version number and exit
  -h, --help           show this help message and exit
  -i FILE, --in=FILE   PDB input file                      (default: stdin)
  -o FILE, --out=FILE  PDB output file                     (default: stdout)
  -y, --nohyd          remove all hydrogen atoms           (default: no)
  -d, --dry            remove all water molecules          (default: no)
  -p, --prot           keep only Amber-compatible residues (default: no)
  --noter              remove TER, MODEL, ENDMDL cards     (default: no)
  --constantph         rename GLU,ASP,HIS for constant pH simulation
  --most-populous      keep most populous alt. conf. (default is to keep 'A')
  --reduce             Run Reduce first to add hydrogens.  (default: no)
  --model=MODEL        Model to use from a multi-model pdb file (integer).
                       (default: use all models)

2) 使用reduce添加H原子：

reduce WT_noH.pdb > WT_H.pdb

3) 使用pdb4amber对加氢后的pdb文件进行规划化处理：

pdb4amber -i WT_H.pdb -o WT_new.pdb