医学dicom文件批量匿名化及打包为exe

话在前头：

编译软件：python
如果与下方数据要求不同，可以联系我有偿修改代码。
处理数据：医学dicom文件患者姓名及医院信息匿名化
匿名：医院名称统一为“None”，患者姓名统一“序号_rename.nii.gz”
dicom文件必须在所要批处理的三级目录下
含有患者信息的表格必须是xlsx格式的
批处理的文件夹名称必须是：123456_刘三，患者姓名前是“_”且后面无其他名称

话在前头（写给计算机学生的编程思路）：

在含有患者“姓名”列的前面加入“ID”列，将每个“姓名”及其对应的“ID”存为字典
以文件夹名中“_”为分割符，将患者姓名分出来，并与上一步的字典匹配，获取对应的“ID”名。
遍历三级文件夹，利用pydicom库对其dicom文件进行匿名化，医院名称直接改为“None”，患者姓名改为对应的“ID”
目录

前言

在医学数据处理过程中，尤其是将自己医院的数据给他人进行处理时，大多医生都较为关注患者及医院信息泄露问题。以CT数据为例，一个CT下可能有多个dicom文件，而医生一个个对齐进行重命名显然不现实，但本文可实现对dicom信息的批量匿名化处理。

所需文件

批处理的文件夹，如下图

该文件夹下的子文件夹，如下图

ABCDE文件夹下存有dicom文件，如下图
名为“样本.xlsx”文件，里面姓名列与批处理的文件夹的患者姓名相对应

样本.xlsx

匿名化代码

代码名称：dicom文件匿名化.py

from pandas import read_excel
from pandas import notnull
import os
from time import time
from tqdm import tqdm  # 导入tqdm库
import argparse
from pydicom import dcmread


def New_ID(xlsx_file_path1, xlsx_file_path_save1):
    df = read_excel(xlsx_file_path1)
    # 假设姓名列的名称为 "姓名"
    name_column = "姓名"  # 替换为实际的姓名列名
    # 新建ID列并根据顺序填充值
    df.insert(0, "ID", "")  # 在第一列插入ID列，初始为空字符串
    id_counter = -1
    for index, row in df.iterrows():
        name_value = row[name_column]
        if notnull(name_value):  # 只填充有姓名信息的行
            id_counter += 1
            id_value = f"{
      
      id_counter}_rename.nii.gz"
            df.at[index, "ID"] = id_value
    # 将修改后的DataFrame写回xlsx文件
    df.to_excel(xlsx_file_path_save1, index=False)
    return df  # 返回修改后的DataFrame


def create_dict(file_path):
    df = read_excel(file_path)
    # 选择ID和姓名列
    id_column = "ID"
    name_column = "姓名"
    # 构建字典
    id_name_dict = {
    
    }
    for index, row in df.iterrows():
        name_value = row[name_column]
        id_value = row[id_column]
        id_name_dict[name_value] = id_value
    return id_name_dict


def folder_rename_name(folder_path, name_mapping):
    n_count = 0  # 记录运行到第几个文件夹了
    # 使用tqdm来遍历文件夹并显示进度条
    for folder_name in tqdm(os.listdir(folder_path), desc="运行进度"):
        # 记录开始时间
        start_time = time()
        old_folder_path = os.path.join(folder_path, folder_name)
        if os.path.isdir(old_folder_path):
            parts = folder_name.split("_")
            if len(parts) >= 2:
                name_part = parts[1]
                if name_part in name_mapping:
                    new_name = name_mapping[name_part]
                    new_name = str(new_name)
                    # 遍历下一级文件夹  修改患者姓名及医院名称
                    for subfolder_name in os.listdir(old_folder_path):
                        subfolder_path = os.path.join(old_folder_path, subfolder_name)
                        if os.path.isdir(subfolder_path):
                            # 遍历下一级文件夹内的所有文件
                            for item in os.listdir(subfolder_path):
                                item_path = os.path.join(subfolder_path, item)
                                if os.path.isfile(item_path) and item.endswith(".dcm"):
                                    ds = dcmread(item_path)  # 读取dicom文件
                                    ds.PatientName = new_name
                                    ds.InstitutionName = 'None'
                                    ds.save_as(item_path)  # 将修改后的文件保存
                    # 重命名文件夹名称
                    new_folder_path = os.path.join(folder_path, new_name)
                    os.rename(old_folder_path, new_folder_path)
                else:
                    print(f"未找到匹配的映射: {
      
      name_part}")
            else:
                print(f"文件夹名称格式不符合预期: {
      
      folder_name}")
        # 记录结束时间
        end_time = time()
        elapsed_time = end_time - start_time
        print(f"总运行时间: {
      
      elapsed_time:.2f} 秒")


def parse_arguments():
    parser = argparse.ArgumentParser(description="本程序将dicom中的患者姓名及医院名称匿名化")
    parser.add_argument("--XFP", required=True, help="数据的xlsx文件路径：C:\患者信息.xlsx")
    parser.add_argument("--XFPS", required=True, help="xlsx文件另存路径（xlsx文件名自定义）：C:\患者信息加入ID列.xlsx")
    parser.add_argument("--FP", required=True, help="匿名化的文件夹路径（dicom文件必须在第三级目录上）")

    return parser.parse_args()


def main():
    args = parse_arguments()

    xfp_path = args.XFP
    xfps_path = args.XFPS
    folder_path = args.FP

    df = New_ID(xfp_path, xfps_path)
    name_mapping = create_dict(xfps_path)
    folder_rename_name(folder_path, name_mapping)


if __name__ == "__main__":
    main()

为便于封装exe文件，所以使用parser.add_argument进行传参。如果想直接使用pycharm运行，直接将def main()函数下的xfp_path、xfps_path、 folder_path改为自己的文件路径。（路径格式：r"C:\患者信息"）。
在pycharm命令行中运行代码

匿名化代码封装为exe

exe封装文件：链接：https://pan.baidu.com/s/1SizeulyDmefT57MZymM_lQ?pwd=1234 提取码：1234
在pycharm命令行中使用：pyinstaller -F --collect-submodules=pydicom dicom文件匿名化.py 对py文件打包。
打包后将exe程序拖入CMD命令终端中，在后面加入“ -h”，输出帮助信息，如下图

运行exe文件，对dicom文件批量匿名化
在这里插入图片描述