大家好,上次直播之后:富集分析结果不理想:如何从上千个term中找到自己想要所有term?
就有人在b站上问,这算不算人为修改富集分析的结果?
up主:生信小博士
富集分析困境
在进行富集分析时,往往会得到包含数千个term的结果,这给后续的研究带来了困难。
我的解决方案
在直播中,我介绍了一种从上千个term中找到自己想要所有term的方法。该方法是先使用过滤和排序的方法来缩小搜索范围,然后再使用人工筛选的方法来最终确定需要的term。
对于直播中提到的人为修改富集分析结果的问题,我的回答是:不算。
为什么我敢这么做
富集分析是一个统计学方法,其结果会受到多种因素的影响,包括数据质量、算法选择、参数设置等。因此,富集分析结果的准确性并不能完全保证。
在这种情况下,使用人工筛选的方法来确定需要的term,是一种合理的做法。人工筛选可以根据研究者的经验和知识,来排除不合理的结果。筛选具体term时,可以根据我们的前期预实验来筛选。更详细解读大家可以参考一下视频。
为富集分析一定要用最新的数据库吗?
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富集分析所用的数据库是根据大量的实验数据构建的,这些数据库会随着新的研究成果的不断发表而不断更新。因此,使用最新版的数据库进行富集分析,可以获得更准确的结果。
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但是,并不是所有的富集分析都需要使用最新版的数据库。如果研究的目的只是了解某一通路或功能的一般特征,那么使用较旧版的数据库也可以获得较好的结果。
最后大家可以思考下这几个问题:
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富集分析所用数据库一直在更新,你为什么想用最最新版的?但是你知道你用的数据库是不是最新版的吗?
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富集分析的结果,你为什么选择top10,甚至选top1的通路进行深入研究?难道top2就不对吗?那么top20呢?你是凭什么来确定的......
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你研究的可靠性以实验为准,还是以生信分析为准?
后记
实验是生物学研究的基础,可以直接验证生物学假设。生信分析可以从大量的数据中发现潜在的规律,为实验研究提供方向。本文技术不难,更多的是一种思想方法,帮助大家去开拓自己的思路。
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