一、下载相关软件
1、R 下载
官网：R: The R Project for Statistical Computing
找到中国镜像，下载快
历史版本点击这里
2、Rtools 下载
进入镜像后，点击这里
然后选择与上面下载的R版本相对应的版本即可
3、Rstudio 下载
官网：Posit | The Open-Source Data Science Company
然后下拉，点击这里
历史版本在这里
二、安装
1、R 安装
注意：先安装R，再安装Rstudio等，软件的安装路径不能有中文。
然后一直下一步安装即可
2、Rtools 安装
3、Rstudio 安装
注意：安装目录不能是中文路径。
注：我安装时，上述三个软件全部安装在同一个目录。
下载的三个软件：
三、简单命令
1、getwd( ) 函数查看当前的工作目录
2、setwd( ) 函数临时设定当前的工作目录
3、.libPaths() 查看 R 包安装的位置
4、installed.packages() 查看已安装的 R包
5、available.packages() 查看可安装 R包
6、library(包名) 查看某个包是否存在，例如：library(xlsx)
7、install.packages("输入你文件的地址",repos = NULL) 安装本地 R包，例如：install.packages("~/../Desktop/GO.db_3.7.0.tar.gz",repos = NULL)
8、?install.packages 查看说明文档
9、升级 R 包
"""
以下是经常会使用到的包，复制以下命令回车执行就完事
update.packages()
if(!require("xlsx")) install.packages("xlsx")
if(!require("tidyr")) install.packages("tidyr")
if(!require("dplyr")) install.packages("dplyr")
if(!require("ggplot2")) install.packages("ggplot2")
if(!require("data.table")) install.packages("data.table")
if(!require("ggrepel")) install.packages("ggrepel")
if(!require("devtools")) install.packages("devtools")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager")
"""
10、安装Bioconductor上的R包
"""
BiocManager::install()
if(!require("DESeq2")) BiocManager::install("DESeq2")
if(!require("clusterProfiler")) BiocManager::install("clusterProfiler")
"""
R语言卸载包：
remove.packages("R包名") 卸载 R 包，例如：remove.packages("xlsx", lib = file .path("path", "to", "library")、remove. packages(c("pkg1","pkg2") , lib = file .path("path", "to", "library"))
注：
“pkg1”,”pkg2”表示包名，即一次可以卸载多个包；
“path”, “to”, “library”表示R的库路径，字符向量，通常情况下只输一个路径即可。使用命令.libPaths()可以查看库路径。示例：
remove.packages("ggtree", lib = file.path("D:/R_4.3.1/R-4.3.1/library")
R语言安装包：
方法一：
先安装库：install.packages("devtools")
require(devtools)
install_version("ggtree", version = "2.4.1",repos = "http://cran.us.r-project.org")
注：但是可能搜不到包，不是适用所有的R包
方法二：
在官网下载对应版本的R包原始代码文件，通过本地离线安装
install_version("E:/ggplot2_3.2.1.tar.gz")快捷键：
- 如果想看所有快捷键，可按 alt + shift + k；或者在界面中点击 Tools + Keyboard Shortcuts Help。以后记得不是很清楚的可以看快捷键大全！
- ctrl + alt + R 运行该脚本所有代码
- ctrl + Enter 运行当前鼠标所在行代码
- Ctrl+Shift+N 快速新建脚本
- 先选中所要注释的代码，然后按 ctrl + shift + c。如果想取消注释，再选中代码，再后 ctrl + shift + c。
- <- 怎么打？快捷键：alt + -
- Shift+Ctrl+D 在一行代码末尾或者选中一堆代码后使用复制粘贴
- 按快捷键 ctrl + shift + H 之后显示当前目录，你可以选择其他路径作为当前目录。或者可以通过窗口操作，点击 Sessin 中的 Set Working Directory。
- 假如想找以前提交的命令怎么办？在控制台中，通过 Ctr + [向上箭头] 可以搜索到历史记录。或者通过窗口操作，右上角有个History，点击即可。
- Ctrl + Shift + R 是在代码中创建可折叠注释部分的简便方法。非常好用的快捷键，我猜很多人都不知道吧！可以增加代码的可读性，强烈安利。
- 快捷键：ctrl + shift + F10。假如运行代码卡住了可以使用噢！