Linux最基础笔记
今天分享的笔记内容是Linux基础操作必备知识点，参考资料是清华大学鲁志老师的课件，主要是常用指令和功能操作。
特别注意: 在Linux中空格有着专门的意义，所以要特别关注命令行中的空格符，不可以省略空格，否则命令会无法正确执行。
基本知识
linux 路径是什么？
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相对路径（从当前目录开始） -
绝对路径（从根目录 / 开始） -
file_name ：当前目录下的文件 -
folder_name/ ：当前目录的文件夹 -
.. ：上一级目录 -
../file：指上一级目录下的文件 -
/home/test ：用户家目录
linux一切皆文件，所以路径很关键
基本操作
可以在linux系统中进行实际操作，对接下来介绍的所有命令不理解时，均可使用 --help 来查询，如比如：
ls --help
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pwd 显示当前目录 -
ls 显示文件夹中文件（夹）列表 -
ls -la #显示全部详细格式 -
ls -lh #以常规方式展示 -
ls /usr/local #显示 /usr/local 文件夹下的文件（夹） -
tree 以树形结构显示文件夹
接下来的每步操作后，都可以跑一遍 pwd, ls 和 tree，加深对路径和命令的理解，这个有点像windows系统下的资源管理器。
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cd 目录切换 -
cd后面为空时，进入默认家目录 -
cd /usr/local # 进入根目录(目录名输入一部分即可按TAB键自动补全)
创建、删除与复制文件（夹）
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touch 创建文件
touch old_file
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mkdir 创建文件夹
mkdir old_folder
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cp 复制文件(夹)
用法：cp SOURCE DEST
cp old_file old_file2 # 复制文件
cp -r old_folder old_folder2 # 复制文件夹，需要加上 -r
注意：当 DEST 为文件夹且已存在时，会把 SOURCE 整个（包括其自身）复制到 DEST 中。
mkdir cp_folder
cp old_file cp_folder
cp -r old_folder cp_folder
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mv 重命名或移动文件（夹）
mv old_file new_file #文件重命名。如果new_file存在，将覆盖new_file。
mv old_folder new_folder #文件夹重命名。如果new_folder已经存在，把old_folder移动到new_folder中
mv new_file new_folder #将文件移动到新目录
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rmdir 删除文件夹
rmdir old_folder2 # 只能是空文件夹
rm 删除文件（夹）
rm old_file2 # 删除文件
rm -r new_folder # 删除文件夹（可以非空）
rm -rf xxx # 强制删除文件，慎用！！！！！
查看文件
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cat 直接查看文件
cat file_name
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wc 查看文件行数、字数
wc -l file_name #查看文件行
wc -c file_name #查看文件字数
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head 查看文件前几行
head file_name #查看文件前 10 行（思考：为什么只显示 8 行）
head -n 6 file_name #查看文件前 6 行
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tail 查看文件后几行
tail file_name #查看文件后 10 行
tail -n 4 file_name #查看文件后 4 行
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more/less 翻页查看文件
more file_name # 按 d 向下翻页，翻完后（或按 q）退出 (由于文件过小，需要把终端调窄才有效果)
less file_name # 按 d 向下翻页，u 向上翻页，q 退出
文件信息提取和操作
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cut 取出文件中的特定列或字符
cut -f 4 file_name #取出第 4 列
cut -d ";" -f 2 file_name # 以分号作为输入字段的分隔符（默认为制表符），取出第 2 列
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sed 编辑文件
sed 's/a/A/g' file_name #将文件中所有的 a 替换为 A
sed -n '3,6 p' file_name #打印第3到6行
sed '2 q' file_name #打印前2行
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grep 关键词搜索
grep 'CDS' file_name #显示匹配上 'CDS' 的所有行
grep -v 'CDS' file_name #显示没有匹配上'CDS'的所有行
grep -w 'gene' file_name # 必须与整个字匹配 (思考第 8 行中的 gene_id 包含 gene，为什么没有显示这一行)
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sort 排序
sort -k 4 file_name # 按照第 4 列排序
sort -k 5 file_name # 按照第 5 列排序 (ASCII码顺序)
sort -k 5 -n file_name # 按照第 5 列排序 (ASCII数值顺序)
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uniq 去重复
uniq -c file_name # 去重复并且计算重复频率（仅能处理串联重复）
压缩和数据流重定向
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gzip 压缩文件
gzip file_name
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gunzip 解压缩文件（.gz 文件）
gunzip file_name.gz
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tar 打包压缩、解压缩文件（夹）
tar -zcv -f cp_folder.tar.gz cp_folder #打包压缩文件夹（gzip格式）
tar -ztv -f cp_folder.tar.gz #查看压缩文件夹中的文件名（gzip格式）
tar -zxv -f cp_folder.tar.gz #打开包并解压缩（gzip格式）
参数解释
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-c 打包压缩 -
-x 解压 -
-t 查看压缩包里的文件名 -
-z .gzip 格式 -
-f 指定压缩文件名
三个特殊字符的秘密
>将终端结果输出给文件，会创建新文件或者覆盖原文件
cat file_name > new_file # 将文件的内容输出到一个新文件
cat new_file
>> 将终端结果输出给文件，内容会加在原文件尾部
sed -n '8 p' file_name >> new_file # 将文件的第 8 行附加到新文件的尾部
cat new_file
| 管道，将左边命令的标准输出（standard output）作为右边命令接受的标准输入（standard input）
head -n 6 file_name | tail -n 3
输出文件的前 6 行，通过管道转发给 tail 取出后 3 行，也就是原始文件的 4-6 行。
cut -f 4 file_name | sort | uniq -c
输出文件的第 4 列，通过管道转发 sort 进行排序，通过管道转发到 uniq 去重复并且计算重复频率。
Tips
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管道命令只处理前一个命令正确输出，不处理错误输出（standard error）。 -
管道命令右边命令，必须能够接收标准输入流命令才行。
查看、修改文件权限
使用ls -hl查看文件对应的权限信息，对比操作前后文件权限的变化。
用户及用户组：
文件所有者 u(user)，用户组 g(group)，其他人 o(other)，所有人 a(all)
chmod 修改文件的访问权限，分为数字模式和符号模式。
数字模式：
chmod 755 file_name
chmod -R 755 cp_folder
# -R 修改该目录中所有文件的权限
三位数分别表示文件所有者，用户组，其他人。具体规则如下：
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r 表示可读 -
w 表示可写 -
x 表示可执行
用数字表示：
可读 r=4，可写 w=2，可执行 x=1
例如：
777 表示所有用户对文件具有读、写、执行权限
755 表示文件所有者对文件具有可读、可写、可执行权限，其他用户只具有可读、可执行权限。
符号模式：
chmod u+x,go=rx file_name
#使文件的所有者加上可执行权限，将用户组和其他人权限设置为可读和可执行
chmod o-x file_name
#使其他人对文件除去可执行权限
chmod a+x cp_folder
#使所有人对文件夹加上可执行权限
规则如下：
+ 加入
- 除去
= 设置
其他命令
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top 监视计算机使用情况
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date 显示系统的时间和日期
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which 寻找可执行文件路径
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ctrl-c 终止当前进程
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ctrl-z 暂停当前进程
清理
rm new_file #删除文件
rm -r cp_folder #删除文件夹
rm cp_folder.tar.gz #删除压缩包
参考资料： https://book.ncrnalab.org/teaching/part-i.-basic-skills/2.linux/2.1.linux-basic-command
本文由 mdnice 多平台发布