原生动物门食物泡（Food vacuole）：
食物进入原生动物体内后被细胞质形成的膜包围形成，食物泡随原生质流动，并经消化酶消化，消化后的营养物质从食物泡进入内质，不能吸收的食物残渣由体表或胞肛排出体外。
胞肛（Cytopyge）：
又称肛点，是不能消化的食物残渣从体表固定位置排出体外的胞器。 胞口：
原生动物门纤毛虫纲的多数动物用以取食的细胞器的一个结构，位于胞咽之前。
胞咽：
原生动物门纤毛虫纲的多数动物用以取食的细胞器的一个结构，位于胞口之后。
表膜（pellicle）：
又称皮膜，是原生动物身体表面一层很薄的原生质膜，使身体保持了一定形状。
表膜的弹性又可使身体适应改变形状。 大核：
纤毛虫类都具大核和小核两种类型的细胞核，大核负责纤毛虫的正常代谢、细胞分化控制等。
大核可以通过DNA的复制成为多倍体核。 小核：
是纤毛虫类两种类型的细胞核的一种。
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一般较小，呈球形，数目不定，小核负责基因的交换重组并由它产生大核，小核均为二倍体，因此又称为生殖核。
伸缩泡（contractile vacuole）：
是原生动物体内水分调节细胞器，兼有排泄功能。
不同种类的原生动物伸缩泡的结构不尽相同，纤毛虫的伸缩泡最复杂，每个伸缩泡有6－10个收集管，收集管周围有很多网状小管，收集内质中的多余水分及部分代谢产物，最终由伸缩泡与外界相通的小孔排出体外。
收集管（collecting canals）：
纤毛虫体内与伸缩泡相通的,周期性地将内质网收集的水分集中注入伸缩泡的结构。
外质（ectoplasm）：
原生动物的细胞质靠近表膜的一层，光镜下外质透明清晰，较致密。 在变形虫中可以看到外质与内质相互转化。
外质可以分化出一些特殊的结构，如腰鞭毛虫的刺丝囊（nematocyst），丝孢子虫的极囊（polar capsule），纤毛虫的刺丝泡（trichocyst）等。
内质（endoplasm）：
原生动物的细胞质不靠近表膜的部分，光镜下不透明，含有油滴、淀粉、副淀粉等颗粒，内质中含有各种细胞器：
色素体（chromatophore）、食物泡（food vacuola）、眼点（stigma）、伸缩泡（contractile vacuole）、线粒体（mitochondrion）、高尔基体（Golgiapparatus）等。
溶胶质（plasmasol）、凝胶质（plasmagel）：
原生动物门肉足虫纲动物的内质可分为固态的凝胶质和液态的溶胶质。
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在运动时虫体后端的凝胶质因蛋白质的收缩产生压力，使溶胶质向前流动同时伸出伪足。
溶胶质流到前方后压力减小，溶胶质又由前向后回流，再成为凝胶质。 这样凝胶质与溶胶质的不断交换形成变形运动。 植物性营养（holophytic nutrition）：
原生动物门植鞭毛类体内含有色素体，可以利用光能将二氧化碳和水合成糖类，制成自身生长的营养物质，这种营养方式称为植物性营养。
动物性营养（holozoic nutrition)：
原生动物通过伪足吞噬或通过胞口、胞咽将细菌、有机质颗粒等食物取食进细胞质内形成食物泡，经消化酶的作用吸收消化后的营养，不能消化的食物残渣则由胞肛排出体外，这种营养方式称为动物性营养。
腐生性营养（saprophytic nutrition）：
一些寄生和自由生活的原生动物可以通过体表的渗透作用从生活的环境介质中摄取溶于水的有机物以获取自身生长的营养物质。
这种营养方式称为腐生性营养。 眼点：
一些鞭毛虫类身体前端会有类胡萝卜素的脂类集合成为一个红色的眼点，与鞭毛基部的副鞭毛体一起构成某些鞭毛虫的感光细胞器。
腔肠动物门缘膜：
水螅纲水母的伞缘向内突起，成为一环状膜，称为缘膜。 隔膜：
珊瑚纲的腔肠动物体壁内胚层向消化循环腔垂直长入的突起，有的可以连接到口道，将消化循环腔分为初级隔膜、次级隔膜和三级隔膜。
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