团簇生长过程-Ovito渲染

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  †《LAMMPS小技巧》: ‾ \textbf{ \underline{\dag《LAMMPS小技巧》:}}  LAMMPS小技巧》: 主要介绍采用分子动力学( L a m m p s Lammps Lammps)模拟相关安装教程、原理以及模拟小技巧(难度: ★ \bigstar
  ††《LAMMPS实例教程—In文件详解》: ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag《LAMMPS实例教程—In文件详解》:}}  ††LAMMPS实例教程—In文件详解》: 主要介绍采用分子动力学( L a m m p s Lammps Lammps)模拟相关物理过程模拟。(包含:热导率计算、定压比热容计算,难度: ★ \bigstar ★ \bigstar ★ \bigstar
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  ††††††《分子模拟—Ovito渲染案例教程》: ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag\dag\dag《分子模拟—Ovito渲染案例教程》:}}  ††††††《分子模拟—Ovito渲染案例教程》: 主要采用 O v i t o \rm Ovito Ovito软件,对 L a m m p s \rm Lammps Lammps 生成的轨迹文件进行渲染(难度: ★ \bigstar ★ \bigstar )。

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博文《根据近邻列表法识别团簇—冷凝成核 Matlab+Ovito(上)》 中给出了如何识别团簇的代码,这里不再赘述,只讨论渲染过程。

本案例突出团簇的形成、生长过程。 本案例突出团簇的形成、生长过程。 本案例突出团簇的形成、生长过程。

一、选择出团簇原子和非团簇原子

1. 选择团簇原子

这里通过程序识别后的 D u m p \rm Dump Dump 轨迹进行的筛选。选出后,暂时删除这些原子。

请添加图片描述

2. 删除非团簇原子

请添加图片描述

二、选择出团簇原子和非团簇原子

1. 团簇分析

筛选出团簇原子,并采用 O v t i o Ovtio Ovtio 自带的团簇分析功能, C l u s t e r   a n a l y s i s \rm Cluster\ analysis Cluster analysis

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可以看到Ovito可以很好识别出来体系内的团簇。
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2. 团簇具体信息

点开团簇信息可以看到没一个团簇的大小和ID,这个可以通过Ovito输出
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三、渲染团簇

1、 对团簇进行选择

这里我们先根据程序识别的原子 m a r k \rm mark mark 信息进行筛选。
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2、 获得团簇渲染后的结果

删除团簇内的原子,只留下渲染后的结果。
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四、渲染结果

可以看到团簇的变化过程,并统计团簇信息。
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五、 案例dump下载

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