线粒体疾病是最常见的遗传性疾病之一，但由于其临床表型与其他散发或遗传性疾病的临床表型有类似之处等原因，使得线粒体的诊断长期以来都是重大挑战。尽管基因检测的广泛应用提高了诊断率，但表型和遗传异质性的结合仍然难以有把握地及时进行分子诊断。
mtDNA突变占线粒体疾病诊断的三分之二，其中绝大多数是由于mtDNA(mtSNVs)的单核苷酸变异(SNVs)引起的。MitoPhen数据库提供了已发表的mtDNA疾病患者mtSNVs或小插入/删除变异(indels)，并提供相关疾病表型数据，为线粒体疾病的诊断提供了重要参考。该数据库可访问地址：https://www.mitophen.org.
通过收集6688名已发表个体的临床表型，其中有89 个致病性线粒体 DNA(mtDNA) 突变，整理出了26348个人类表型本体论 (HPO：人类疾病中遇到的表型异常的标准化词汇表) 以建立 MitoPhen 数据库，对 mtDNA 临床综合征的无假设定义、异质性-表型关系的概述、未被充分识别的表型的识别，这些HPO涵盖了所有主要器官系统，能够全面描述与每个变体相关的临床表型谱。
图：89个致病mtDNA变异及其相应的mtDNA基因位置
注：每个变量中已发表的受影响个体的数量用向外的灰色条表示，数字显示在括号中，报告这些个体的文献数量用向内的灰色条表示。mtDNA基因按编码类别着色:粉色代表编码基因，紫色代表tRNA基因，绿色代表rRNA基因，D-loop为蓝色。
通过记录肌肉、血液和其他生物材料中的异质性水平，能够确定特定变体的异质性水平和特定HPO术语出现的几率之间的联系。该数据库还能够识别携带特定mtDNA变异的患者中未被识别但复发的临床特征。
利用该数据库，研究者对77名独立确诊的线粒体疾病患者和1083例非线粒体疾病的罕见病例进行研究，基于HPO表型相似度评分，可以区分这两类罕见病患者。假阳性率在10%以内，灵敏度可达80%。同时，研究者也指出，纳入更多的线粒体疾病患者的表型数据，将有助于进一步提升对此类罕见病的预测。
总之，MitoPhen数据库收集和纳入的HPO词条，为mtDNA疾病的诊断提供了一个公开可用的参考数据库。
参考文献
MitoPhen database: a human phenotype ontology-basedapproach to identify mitochondrial DNA diseases. Nucleic Acids Research, 2021.