大家好，我是邓飞。
平时在分析时，也有时候需要将外部准备好的数据，更新到plink数据中。plink有两种格式类型，二进制文件（bed，bim，fam）在fam文件的第六列，文本文件（ped，map）在ped文件的第六列。数据量小时，可以用excel打开，直接手动增加，如果数据量大，就需要编程实现，比如R语言，Perl或者Python。其实，plink自己有一个参数，可以自动更新表型数据，只需要将所要更新的表型数据准备好就行了。下面介绍一下操作流程。
1. plink文本文件更新表型数据
下面我们用plink示例数据来进行演示，这个数据很小，也可以自己生成。
map数据：
$ cat toy.map
1 rs0 0 1000
1 rs10 0 1001
ped数据：
$ cat toy.ped
1 1000000000 0 0 1 1 0 0 A A
1 1000000001 0 0 1 2 C C A G
上面的ped数据第六列就是表型数据，这里有两个个体，分别是1和2，这里我们将其更改为2和1。
如果想要用plink进行更新数据，需要提前准备好表型数据，格式：FID，IID，y，三列数据，没有行头，缺失值用-9，分隔符是空格或者tab。
注意，跟新的个体要和ped一样，顺序可以变化，但是数目要对得上。
表型数据：
$ cat phenotype.txt
1 1000000000 2
1 1000000001 1
更新命令：
plink --file toy --pheno phenotype.txt --recode --out re1
结果生成re1的plink文件，看一下ped的第六列，可以看到，已经更新了：
$ cat re1.ped
1 1000000000 0 0 1 2 0 0 A A
1 1000000001 0 0 1 1 C C G A
2. plink二进制文件更新表型数据
首先，用toy生成二进制的plink文件
plink --file toy --make-bed --out b
查看b.fam文件，里面第六列是表型数据。
$ cat b.fam
1 1000000000 0 0 1 1
1 1000000001 0 0 1 2
表型数据整理，和文本格式的phenotype.txt格式一样。这里我们将其变为连续性状。
注意：表型数据可以是1-2的case-contral，也可以是连续性状，操作方法没有区别
$ cat phenotype.txt
1 1000000000 2.5
1 1000000001 1.8
更细代码：
plink --bfile b --pheno phenotype.txt --make-bed --out re2
查看re2.fam文件，看看表型数据已经更新成功：
$ cat re2.fam
1 1000000000 0 0 1 2.5
1 1000000001 0 0 1 1.8
3. 为何要更新表型数据
初学者看到plink的ped第六列或者fam的第六列是表型数据，就想把自己的数据加进去。其实我们可以额外定义一个表型数据txt文件，自己整理数据就行，它的优势：
- 表型数据txt文件小，可以用excel编辑，修改
- 表型数据可以支持多列，比如有20个性状，可以依次排开，在进行分析时，指定所要分析的形状即可。默认是第三列是第一个性状。
- 缺失值可以用NA或者-9表示，不能为空
这一篇就是plink如何更新表型数据的教程。感觉不错，三连走起呀！