问题来源
想使用vcftools转为plink文件,这样plink的map文件有名称,可以一步到位。一般最简单的方法是:
vcftools --vcf clean_vcf.recode.vcf --plink --out a1
这里:
- –vcf 后面是vcf的数据格式
- –plink,是转为plink的格式
- –out ,是输出的文件名前缀
但是今天报错了:
Writing PLINK PED and MAP files
Error: Could not open temporary file.
问题解决
本来上面的代码没有问题,修改一下系统的ulimit
即可,比如修改为4000,然后再运行就不会出错了。
ulimit -Sn 4000
然后在运行vcftools命令:
vcftools --vcf clean_vcf.recode.vcf --plink --out a1
搞定!