vcftools 转为plink报错:Error: Could not open temporary file

问题来源

想使用vcftools转为plink文件,这样plink的map文件有名称,可以一步到位。一般最简单的方法是:

vcftools --vcf clean_vcf.recode.vcf --plink --out a1

这里:

  • –vcf 后面是vcf的数据格式
  • –plink,是转为plink的格式
  • –out ,是输出的文件名前缀

但是今天报错了:

Writing PLINK PED and MAP files
Error:  Could not open temporary file.

问题解决

本来上面的代码没有问题,修改一下系统的ulimit即可,比如修改为4000,然后再运行就不会出错了。

 ulimit -Sn 4000

然后在运行vcftools命令:

 vcftools --vcf clean_vcf.recode.vcf --plink --out a1

搞定!

猜你喜欢

转载自blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/125580995
今日推荐