医学图像数据集和预处理工具
1 数据集
1.1 ADHD-200
ADHD-200样本是一项草根倡议，致力于通过实施开放数据共享和基于发现的科学，加快科学界对ADHD神经基础的理解。公开发布来自8个独立成像站点的776个静止状态fMRI和解剖数据，其中491个来自正常发育的个体，285个来自年龄为7-21岁的ADHD儿童和青少年。伴随表型信息包括:诊断状态、维度ADHD症状测量、年龄、性别、智商(IQ)和终生用药状态。所有静息状态fMRI扫描都包括了基于视觉时间序列检查的初步质量控制评估。根据HIPAA的指导方针和1000功能连接体项目协议，所有数据集都是匿名的，不包括受保护的健康信息。
http://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/adhd200/
1 2 LIDC/IDRI
肺图像数据库联合会图像收集（LIDC-IDRI）包括诊断性和肺癌筛查性胸部X线断层扫描（CT）扫描，并标明带注释的病变。它是可通过网络访问的国际资源，用于开发，培训和评估用于肺癌检测和诊断的计算机辅助诊断（CAD）方法。
1.3 LUNA16
使用可用的LIDC / IDRI数据库。该数据使用知识共享署名3.0未移植许可证。排除了切片厚度大于2.5毫米的扫描。总共包括888次CT扫描。LIDC / IDRI数据库还包含在4个经验丰富的放射科医生的两阶段注释过程中收集的注释。每位放射科医生将他们确定为非结节，< 3 mm的结节和 > = 3 mm的结节标记为病变。看到 这个出版物 有关注释过程的详细信息。我们面临的挑战的参考标准包括4个放射科医生中至少3个接受的所有大于等于3 mm的结节。参考标准中未包括的注释（非结节，结节<3 mm，且结节仅由1或2位放射科医生进行注释）被视为不相关的发现。不相关结果的列表在评估脚本（注解_excluded.csv）中提供。
https://luna16.grand-challenge.org/Download/
1.4 DDSM
乳腺钼靶筛查数字数据库是由乳腺钼靶图像分析研究社区使用的资源。此项目的主要支持是美国陆军医学研究和Materiel司令部的乳腺癌研究计划提供的资金。DDSM项目是由马萨诸塞州综合医院（D. Kopans，R.Moore），南佛罗里达大学（K. Bowyer）和桑迪亚国家实验室（P. Kegelmeyer）共同参与的共同努力的一项共同努力。华盛顿大学医学院的其他病例由放射与内科助理教授Peter E. Shile博士提供。其他合作机构包括 维克森林大学医学院 （ 医学工程系 和 放射学），圣心医院和ISMD，Incorporated。该数据库的主要目的是促进计算机算法开发中的合理研究，以帮助进行筛选。数据库的次要目的可以包括开发有助于诊断的算法以及开发教学或培训教具。该数据库包含大约2500个研究。每个研究包括每个乳房的两张图像，以及一些相关的患者信息（研究时的年龄，ACR乳房密度等级，异常的细微等级，ACR异常的关键词描述）和图像信息（扫描仪，空间分辨率，… ）。
http://www.eng.usf.edu/cvprg/Mammography/Database.html
1.5 BraTS 2015
由于其不可预测的外观和形状，从多模式成像数据中分割脑肿瘤是医学图像分析中最具挑战性的任务之一。尽管在文献中已经提出了许多不同的分割策略，但是很难比较现有方法，因为所使用的验证数据集在输入数据（结构MRI对比；灌注或扩散数据； …），类型方面差异很大。病变（原发性或继发性肿瘤；实体或浸润性生长），以及疾病状态（治疗前或治疗后）。
https://sites.google.com/site/braintumorsegmentation/home/brats2015
1.6 ISIC2018
https://challenge2018.isic-archive.com/
2 预处理工具
2.1 FSL
FSL是用于FMRI，MRI和DTI脑成像数据的综合分析工具库。它可以在Apple和PC（Linux和Windows都通过虚拟机）上运行，并且非常易于安装。大多数工具既可以从命令行运行，也可以作为GUI（“点击”图形用户界面）运行。
下载：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/
2.2 SPM
基于MATLAB，可用于DICOM转.nii文件，可预处理，可做单样本检验和组分析。
下载：https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/
2.3 NIfTI
matlab的工具箱，可以读取nii格式的文件,写入和操作输入的医学影像数据。
下载：https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image
2.4 3D Slicer
3D Slicer是用于医学图像信息学，图像处理和三维可视化的开源软件平台。
下载：http://download.slicer.org/
安装：依据提示安装即可。
2.5 ImageJ
ImageJ是一款基于 java的，由 National Institutes of Health（NIH）开发的一款功能强大的图像处理软件，能够显示、编辑、分析、处理、保存、打印８位、16位和32的图片，支持TIFF、JPEG、BMP、DICOM和FITS等多种格式。可Windows，MacOS，Linux等不同操作系统平台上工作。
下载地址：https://imagej.net/Fiji/Downloads
需要先安装jdk，解压即可使用。
2.6 ITK-SNAP
ITK-SNAP是用于对3D医学图像中的结构进行分割的软件应用程序。这是保罗尤什克维奇博士，之间长达十年的合作的产物 佩恩图像运算科学实验室（PICSL）在宾夕法尼亚大学和Gerig博士，的 科学计算和犹他大学的影像学院（SCI），其愿景是创建一个专用于特定功能，分割的工具，并且易于使用和学习。ITK-SNAP是免费，开源和多平台的。
下载：http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Downloads.SNAP3