第三章 关于我们
DeepChem是由开源贡献者团队管理的。任何人都可以自由的加入和贡献！DeepChem我每周开发者会议。
你可以在我们的论坛找到会议记录。DeepChem开发者会议是公开的！如果要听会议，请发送给 email [email protected]，
介绍你自己并申请会议邀请，其中X=bharath 以及Y=ramsundar。
重点:
加入我们的社区gitter来讨论DeepChem。
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3.1 安装
3.1.1 安装Stable版本
在安装deepchem之前请先安装tensorflow v2.3.*。
pip install tensorflow==2.3.*
然后通过pip或conda安装deepchem。
pip install deepchem
或者
conda install -c conda-forge deepchem
RDKit是软要求的包，但是许多有用的方法如molnet依赖它。如果你用conda我们推荐安装RDKit和deepchem。
conda install -y -c conda-forge rdkit
3.1.2 安装Nightly build 版本
你通过pip安装nightly build版本。nightly版本是由 HEAD of DeepChem构建。
pip install tensorflow==2.3.*
pip install --pre deepchem
3.1.3 Google Colab
安装和运行DeepChem最快的方法是使用Google Colab。选择一个DeepChem教程或者这个论坛的Colab快速开始指南贴子。
3.1.4 Docker
如果你想使用docker安装，你可以自DockerHub下载两种镜像。
deepchemio/deepchem:x.x.x
– 通过conda构建镜像 (x.x.x是deepchem版本)
– 当我们push x.x.x. 标记时镜像被构建
– Dockerfile被放在 `docker/tag`_ 目录
deepchemio/deepchem:latest
– 从源码构建镜像
– 我们每次提交主分支时镜像被构建
– Dockerfile被放在 `docker/nightly`_ 目录
首先你要下载你想使用的镜像。
docker pull deepchemio/deepchem:latest
然后，你基于镜像创建容器。
docker run --rm -it deepchemio/deepchem:latest
如果你想要GPU支持:
# If nvidia-docker is installed
nvidia-docker run --rm -it deepchemio/deepchem:latest
docker run --runtime nvidia --rm -it deepchemio/deepchem:latest
# If nvidia-container-toolkit is installed
docker run --gpus all --rm -it deepchemio/deepchem:latest
你现在在安装deepchem的docker容器中。你现在可以用命令行玩它了。
(deepchem) root@xxxxxxxxxxxxx:~/mydir# python
Python 3.6.10 |Anaconda, Inc.| (default, May 8 2020, 02:54:21)
[GCC 7.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import deepchem as dc
如果你想检查tox21竞赛:
# you can run our tox21 benchmark
(deepchem) root@xxxxxxxxxxxxx:~/mydir# wget https://raw.githubusercontent.com/
deepchem/deepchem/master/examples/benchmark.py
(deepchem) root@xxxxxxxxxxxxx:~/mydir# python benchmark.py -d tox21 -m graphconv -s
random
3.1.5 用conda从源码构建
通过以下步骤安装可以保证你从源码安装。
前提
Shell: Bash, Zsh, PowerShell
Conda: >4.6
首先请从GitHub克隆deepchem仓库。
git clone https://github.com/deepchem/deepchem.git
cd deepchem
然后执行shell脚本。shell脚本需要两个参数，python version 和gpu/cpu。
source scripts/install_deepchem_conda.sh 3.7 cpu
如果你想GPU支持 (我们仅支持CUDA 10.1):
source scripts/install_deepchem_conda.sh 3.7 gpu
你果你使用Windows和PowerShell：
. .\scripts\install_deepchem_conda.ps1 3.7 cpu
在激活deepchem环境前，确保已初始化conda。
检查你的命令行是否有 (XXXX)。
如果没有，使用conda init <YOUR_SHELL_NAME>来激活它，然后：
conda activate deepchem
pip install -e .
pytest -m "not slow" deepchem # optional
3.2 要求
3.2.1 硬要求
DeepChem官方支持Python 3.6到3.7并要求如下这些包：
joblib
NumPy
pandas
scikit-learn
SciPy
TensorFlow
– deepchem>=2.4.0 依赖TensorFlow v2 (2.3.x)
– deepchem<2.4.0 依赖 v1 (>=1.14)
3.2.2 软要求
DeepChem有很多软要求。