三层架构是界面层（UI）业务逻辑层（BLL）和数据访问层（DAL）构成的
而MVC是模型层（M）界面层（View）和控制层（Controller）构成的
三层是从整个应用程序架构的角度来分的三层（如果程序需要，还可以分多层）。
三层是为了解决整个应用程序中各个业务操作过程中不同阶段的代码封装的问题，为了使程序员更加专注的处理某阶段的业务逻辑。
比如将数据库操作代码封装到一层中，提供一些方法根据参数直接返回用户需要的相应数据，这样在处理具体的业务逻辑的时候，就不用关心数据的存储问题了。
MVC是在应用程序（BS结构）的视图层划分出来的不同功能的几个模块。
MVC主要是为了解决应用程序用户界面的样式替换问题，把展示数据的 HTML 页面尽可能的和业务代码分离。MVC把纯净的界面展示逻辑（用户界面）独立到一些文件中（Views），把一些和用户交互的程序逻辑（Controller）单独放在一些文件中，在 Views 和 Controller 中传递数据使用一些专门封装数据的实体对象，这些对象，统称为Models。
只所以说MVC和三层毫无关系，是因为它们二者使用范围不同：三层可以应用于任何语言、任何技术的应用程序；而MVC只是为了解决BS应用程序视图层各部分的耦合关系。它们互不冲突，可以同时存在，也可根据情况使用其中一种。