Mac电脑登录前需要先设置
对于 Mac pro 来说，经常出现一种情况是 ：登录没问题，但是超过 5 分钟不操作就会出现问题，没法输入，不得不重启 终端。解决方法是：
【1】在mac，打开终端，不要登录服务器
【2】然后在本地运行下面命令
cat >~/.ssh/config
Host *
ServerAliveInterval 120
TCPKeepAlive no
^C登录服务器
打开邮箱找到曾老师给大家发的邮件，里面有用户名、密码和ip地址，登录方式为：ssh 用户名@ip地址，如：
ssh [email protected]回车，然后输入密码
修改命令行配色
复制粘贴下面两行代码：
echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc查看帮助文档
man 命令，help 命令，或者某个命令的 --help 参数
man ls ## 用 man 命令查看 ls 命令的帮助文档
help ls ## 用 help 命令查看 ls 命令的帮助文档
ls --help ## 用 --help 参数查看 ls 命令的帮助文档pwd命令
ls 命令
列出目录文件情况：
ls ## 列出当前目录的文件
ls ./ ## 同上，‘.’号代表当前目录
ls ./*txt ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件
ls ../ ## 列出上层目录的文件
ls -a ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件
ls -l ## 列出当前目录下文件的详细信息
ll ## ls -la 的简写
ls -lh ## 加上 -h 参数，以 K、M、G 的形式显示文件大小
ls -lh / ## 列出根目录下文件的详细信息cd 命令
切换工作目录
cd .. ## 切换到上层目录，相对路径
cd / ## 切换到根目录
cd /teach/ ## 切换到根目录下的teach，绝对路径
cd - ## 返回上一次的工作目录
cd ~ ## 回到用户家目录
cd ## 同上，回到用户家目录mkdir
# 创建目录
mkdir dir0
ls
mkdir dir0/sub1/sub2
ls
ls dir0
mkdir -p dir0/sub1/sub2
ls dir0
ls dir0/sub1/
mkdir -p test{1..3}/test{1..3}
tree
mkdir命令
mkdir命令简介
mkdir命令用来创建指定的名称的目录，要求创建用户在当前目录具有权限，并且制定的目录名不能是当前目录中已有的目录。
命令格式
mkdir [选项] [目录]
命令参数
-m --mode=模式，建立目录的时候同时设置目录的权限；
-p --parents 若所建立的上层目录目前尚未建立，则会一并建立上层目录；
-v --verbose 每次创建新目录都显示信息
-h --help 帮助信息
常用命令实例
创建一个空目录test1
mkdir test1
递归创建多个目录
mkdir -p /test2/test22
创建权限为777的目录
mkdir -m 777 test3
当前目录下创建/text5/text6,权限为750
mkdir -p-m 750 text5/text6
touch
ls
touch file.txt new.txt
ls
touch file{1..5}
ls
rm
rm -i file.txt
ls file*
rm file*
rm -r test1
指令——rm
一个完整的指令的标准格式：
Linux通用的格式——#指令主体（空格） [选项]（空格） [操作对象]
一个指令可以包含多个选项，操作对象也可以是多个。
指令：rm （remove，移除、删除）
作用：移除/删除文档
语法：#rm [选项] 需要移除的文档路径 [路径2 路径3 …]
选项：
-f：force，强制删除，不提示是否删除
-r：recursion，表示递归【如果操作对象是目录，则-r必须】
一般在使用中，如果确定要删除直接输入命令：#rm -rf 文档路径。
mv
mv file1 Data/file2cp
cp readme.txt Data/
mkdir dir0
cp -r dir0 Data/ln
ln -s /teach/software/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./tar
## 解压
tar -zxvf Data.tar.gz
## 压缩
tar -zcvf Data.tar.gz Data ...cat
cat readme.txt
cat -n readme.txt
## 写入文件
cat >file
Welcome to Biotrainee() !
^C ## 这里是按Crtl C
## 查看
cat file
Welcome to Biotrainee() !head、tail
head -n 20 Data/example.fq
## 查看 .bashrc 的最后 10 行
tail ~/.bashrc
## 查看第20行
head -n 20 Data/example.fq | tail -1less
按 q 退出
less Data/example.fq
less -S Data/example.fq
less -N Data/example.fq
zless -N Data/reads.1.fq.gzwc
cat -n readme.txt
cat readme.txt | wc
wc -l readme.txt
cut
less -S Data/example.gtf | cut -f 1,3-5
less -S Data/example.gtf | cut -d 'h' -f 1
sort
less -S Data/example.gtf | sort -k 4 | less -S
less -S Data/example.gtf | sort -n -k 4 | less -S
uniq
less -S Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c
paste
less -S Data/example.fq | paste - - - | less -S
paste file1 file2
tr
cat readme.txt | tr 'e' 'E'
cat readme.txt | tr '\n' '\t'
cat readme.txt | tr -d 'e'
grep
grep Biotrainee -r ./
less -S Data/example.fq | grep 'gene'
less -S Data/example.fq | grep -w 'gene'
less -S Data/example.fq | grep -v -w 'gene'
正则表达式
cat readme.txt | grep '^T'
cat readme.txt | grep ')$'
cat readme.txt | grep 'f.ee'
cat readme.txt | grep 'f\?ee'
cat readme.txt | grep 're\+'
cat readme.txt | grep [bB]
sed
cat readme.txt | sed '1i Welcome to Biotrainee() '
cat readme.txt | sed '1a Welcome to Biotrainee() '
cat readme.txt | sed '1c Welcome to Biotrainee()
cat readme.txt | sed 's/is/IS/g'
cat readme.txt | sed '/^$/d'
cat readme.txt | sed 'y/abc/ABC/'
awk
less -S Data/example.gtf | awk '{print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '{print $9,$10}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk -F '\t' '{print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") print $0}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") {print $0} else{print $3 " is not gene "}}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '/gene/{print $0}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{print "find UTR feature"} /UTR/{print $0} END{print "end"}'
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t"} {print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"} {gsub("gene","Gene",$3);print $0}' | less -S