工控主板是应用于工业场合的主板，被工业电脑所采用，根据需求可以适应宽温环境，可以适应恶劣环境，可以长时间高负荷工作等。工作温度范围可达-40度—85度，工作湿度范围可达非凝露0~95%，环境粉尘，金属粉尘，普通粉尘，根据主板的结构和尺寸可以分成：全长卡，半长卡，5.25寸，3.5寸，PC104架构等。按选用芯片系列分：386，486，586，PIII，P4，ATOM,等。按芯片类型分：X86架构，MIPS架构，ARM架构等。还有一些根据客户需求定制的部分。
其主要区别体现在设计特性，平台选项，接口设计，使用环境等方面。
工控主板元器件一般不同于商业用料，需要考虑耐高温、抗潮湿等工业场合需求。为了加强主板的EMC/EMI性能，增强主板的稳定性。工业主板采用6层及以上PCB线路板设计。
相对于普通主板，工控主板一般采用低功耗芯片组，以便节约能耗，同时提高环境适应能力。
常见的平台从Intel Core，Nehalem到2012年主推的Sandybridge/Ivybridge，及ATOM cedar-trail凌动平台，AMD的LX系列（LX800)到Fusion等。
其次，接口设计也有别与普通主板，工控主板由于使用场合特殊，因此设计接口会根据使用场合做定制或堆砌大量标准接口以适应各种接口。
常见接口有串口，USB，LAN，LPT等，为了适应环境，一般都带有防浪涌冲击，防静电等设计。
扩展接口有PC104家族，PCI-E家族，PCI家族等，配合工业母板，底板使用支持多个扩展。
同时带多种显示功能如VGA，LVDS，HDMI，DVI接口等。
此外，工控主板通过特殊设计，在遇到死机等异常情况，可以实现看门狗自动重新启动全力的保证系统在恶劣环境的高稳定性的要求，相较于普通主板来说稳定的多。
工控主板的使用环境相对普通电脑来说更广泛更恶劣，工控主板的典型环境，工作温度：范围可达-40度—85度，工作湿度：范围可达非凝露0~95%，环境粉尘：金属粉尘，普通粉尘，电磁辐射：强电磁干扰环境，自身辐射控制，长时间工作：一般寿命期内永久开机。以上这些环境下是普通主板无法胜任。