1.任务目标原则
组织结构设计要服从每一项工作的任务和目标，尤其是价值链上的目标，体现一切设计为目标服务的宗旨。
2.分工协作原则
一家现代企业无论设置多少个部门，每一个部门都不可能承担企业所有的工作。企业部门之间应该是分工协作的关系，也就是说企业中有管财务的，有管人力资源的，有做后勤保障的，还有主导业务流程中各个环节的部门。因此，把握好分工协作原则对于现代企业来说至关重要。
3.统一指挥原则
无论公司怎么设计，都要服从统一指挥的原则，要在公司的总体发展战略指导下工作。公司所有部门要按照董事会的方针进行工作，在总经理和总裁的统一指挥下工作。
4.合理管理幅度原则
每一个部门、每一位领导人都要有合理的管理幅度。管理幅度太大，无暇顾及;管理幅度太小，可能没有完全发挥作用。所以在组织结构设计的时候，要制订合理恰当的管理幅度。
5.责权对等原则
设置的部门或单位有责任，就应该使其拥有相应的权力。如果没有对等的权力，根本无法完成相应的职责。所以责和权应该对等。
6.集权和分权原则
在整个组织结构设计的时候，权力的集中与分散应该适度。集权和分权控制在合适的水平上，既不影响工作效率，又不影响积极性。
7.执行部门与监督部门分设原则
例如财务部负责日常财务管理、成本核算，审计部专门监督财务部。执行部门和监督部门分设，也就是通常所说的不能既当裁判员又当运动员。
8.协调有效原则
组织方案的设计应遵循协调有效的原则，而不应在执行组织设计方案之后，部门之间无法相互监督控制，或者一旦出现这一现象运营机制效率低下，就说明组织方案设计没有遵循协调有效原则