1.下载所需软件包
进入官网（https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/rel6downloads），选择linux版本的freesurfer进行下载（下载较慢的话，可以使用这个链接：https://pan.baidu.com/s/1LSPQSJMJOC67U-hjeigxoA
提取码：eqd4 ）
获取license，在官网（https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html）注册一下，填写自己的邮箱，提交之后会收到一个邮件，附件包含license.txt。
2.安装包复制与解压
将下载的软件包复制到/usr/local下，要保证有足够大的空间（10G）。在ubuntu系统下打开命令窗口，输入：
sudo cp 安装包名字 /usr/local
解压：
sudo tar -zxvf /usr/local/freesurfer安装包文件名
复制license:
sudo cp license.txt /usr/local/freesurfer
3.安装
安装tcsh，在终端输入：
sudo apt-get install tcsh
4.环境配置
在终端中为桌面路径下输入
sudo gedit /etc/profile
在所打开文件的最后一行 输入：
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
在终端中为桌面路径下输入
sudo gedit /etc/bash.bashrc
在所打开的文件中输入
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
保存。
在终端中为桌面路径下输入:
sudo apt-get install libjpeg62
安装完毕，重启终端，输入freeview查看安装是否成功（避免数据存放在中文路径，否则可能出现打不开文件的错误）。
5.使用教程：
最后附上freesurfer使用教程：
https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/latest/