前言：
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基于InstallShield2018R2(2015版本和2018版本实测设置方法都一样)。
1.打开InstallShield，找到ApplicationFiles界面，选中左侧文件夹，如果添加单文件点击AddFiles然后直接添加，如果添加文件夹点击AddFolders。
2.找到最下面的ApplicationShortcuts界面exe会自动显示在左侧。看右侧的单选框Create shortcut in Start Menu是Windows图标开始菜单里面创建快捷图标，Create shortcut on Desktop 是在桌面创建快捷方式。如果自动添加进不其他无用的exe可以把单选框都去掉会自动消失。(这种方法也可以，但是有时候会出现失效。所以个人推荐下一种方法进行设置桌面快捷方式)
3.Installation Designer 界面设置桌面快捷方式。找到SYSTEM CONFIGURATTON点击Shortcuts界面，右侧会显示Desktop可以看到你在上一步选择了创建桌面快捷方式的exe，如果有则不需要添加，如果没有则添加。（注意如果在第二步添加的快捷方式有可能出现文件名不对的情况，在这一步可以看到exe的文件名也推荐在这里设置。）
PS：本人真实采坑经历，望对大家有所帮助。