首先，股市从创始到后来很长一段时间内，都是为国有企业募资服务的。即使后来批准民营企业发行股票，目前股市中国有企业的数量还是占到2/3。而国有企业一直是产权不明、效率低下、腐败高发的代名词。这就相当于把社会的资金资源投入到低效的部分，没有起到支持优质企业的功能。
其次，和中国法律一样，证监会对股份公司的监管和约束，在法规上不健全，在执行上更是漏洞百出，导致信息披露违规、股市操纵和内幕交易层出不穷，相关利益方大肆获利，普通股民和股市生态则屡遭践踏。
第三，中国政府摆脱不了干预经济的思维，很多时候没有让公平透明的市场充当配置经济资源的手段，表现在股市上，就是行情经常受政府消息的剧烈影响。比如动辄在国家层面出台扶持某某产业、发展某某区域，还有直接涉及到股票规则的，例如大小非解禁、印花税的调整、融资融券规则的修改。
第四，股票发行和退市制度的问题。在成熟的证券市场，股票发行都采用注册制，即符合一套公开规则的企业都可以注册发行股票，与之配套的是退市机制，即股票表现太差或公司严重违规就会将该股票踢出市场。中国特色的股票发行采用审批制，审批部门可以人为控制股票发行的节奏，决定哪些公司能发行股票，哪些公司不能。这样不仅创造了审批部门的权力寻租空间，而且失去了注册制下新发行股票的数量价格随着行情自然调节的机制。另一方面，中国股市没有合适的退出机制。股票一旦上市就长生不死，无论公司出现多少不当和违规行为，迄今为止，只有屈指可数的企业退市。
以上这些制度缺陷，使得中国股市具有明显的畸形。
首先，受到信息不实披露、股市操纵和内幕交易的扭曲，股票表现与公司的经营情况等“价值”信息的相关性不明显。上面说到投资股票的基本回报就是股息，但中国股市派发股息的公司和股息金额都少得可怜。因此，投资者大多对长期价值投资不感兴趣，而是热衷于打探内幕消息和追踪国家政策，着迷于短期操作。有消息的想内幕交易，庄家想操纵股市，散户研究庄家策略。与西方股市机构投资者占主体不同，中国股市散户居多。散户的分布又呈金字塔形，金额少的股民占大多数，随着金额增长到百万千万和亿元数量级，人数迅速减少。
其次，上述弊端造成中国股市波动剧烈，表现极差。西方股市往往几十年才有一次大的泡沫，中国股市从1990年到现在20多年，指数下跌超过50%的，沪深两市就各有5次。我这个业余股市关心者原来只知道分别始于90年代初，94年和2007年的三次股灾，上网一查才发现有人整理出沪深两市分别经历了5次股灾，当然这不包括最近的这一次：）
上海
1：1992.05.26---1992.11.17自1429.01点跌至386.85点，跌去了1042.16点，跌幅72.92%；历时5个月22天。
2：1993.02.16---1994.07.29自1558.95点跌至325.89点，跌去了1233.06点，跌幅79.09%；历时17个月22天。
3：1994.09.13---1995.02.07自1052.94点跌至524.43点，跌去了528.51点，跌幅50.19%；历时4个月25天。
4：2001.06.14---2005.06.06自2245.42点跌至998.23点，跌去了1247.19点，跌幅55.54%；历时近4年.(这是中国股市到目前为止历时最长的一轮熊市，可谓刻骨铭心！！！）
5：2007.10.16---2008.10.28自6124.04点跌至1664.93点，跌去了4459.11点，跌幅72.81%；历时1年零12天。
深圳
1：1993.02.22---1993.07.03自3422.22点跌至1688.18点，跌去了1734.04点，跌幅50.67%；历时4个月28天。
2：1993.08.17---1994.07.29自2870.97点跌至944.02点， 跌去了1926.95点，跌幅67.11%；历时11个月12天。
3：1994.09.13---1995.04.27自2162.75点跌至1018.54点，跌去了1144.21点，跌幅52.90%；历时7个月14天。
4：1997.05.06---1999.05.12自5799.31点跌至2659.01点，跌去了3140.53点，跌幅54.14%；历时2年零6天。
5：2007.10.10---2008.10.28自19600.03点跌至5577.23点，跌去了14022.80点，跌幅71.54%；历时1年零19天。
需要说明的是：2001.06.14---2005.06.06这一轮沪市历史上最长的熊市中，同期深市的跌幅不足50%，故未计算在内。
而且中国股市典型的牛短熊长，大部分时间都在低位徘徊，完全与实体经济的发展不一致。