二维温度云图实现

涉及到的命令

• chunk/atom
• temp/chunk
• ave/chunk

部分命令仅供参考

#-----------------------C层温度分布
compute 		1 C chunk/atom bin/2d y 0.0 2.0 z 0.0 2.0 			#对原子进行分类切块
compute			2 C temp/chunk 1 temp com yes					#去除chunk质心速度的温度
fix			1 C ave/chunk 1000 5 10000 1 temp bias 2 file tempC.profile	#每个块的平均温度

bin/2d：二维
y 0.0 2.0 ：dim（切块方向）, origin（切块起点）, delta（切块厚度）
厚度的话看自己的体系，我的是323250，2.0即可，正常1-5均可，自己调试，过大会不够均匀，过小会导致切割后的块内无原子，即没有数据。

数据导出

最终的数据会被存入自己命名的tempC.profile文件内：
对应的Coord1是我的y方向，Coord2是Z方向，由于是部分数据，所以Coord1显示的都还是1，下一个Coord1对应的是1+delta，至于为什么数据中会出现0，这里的话不是我切割厚度的不合理，而是我的模型在那个范围的确没有原子，如果仔细看chunk/atom命令的话，会发现虽然命令可以指定group，但是系统还是会把整个体系沿着你的方向切一遍，所以我后续的操作就是把对应时间步数据中为0的行去掉，得到目标group的块范围。至于自身数据处理时有0是否去除得自行判断是切割参数的问题，还是自己系统的确在那个范围无原子！！

Starting at the origin, sufficient bins are created in both directions to completely span the simulation box or the bounds specified by the optional bounds keyword

tempC.profile部分信息：

# Chunk-averaged data for fix 1 and group bias
# Timestep Number-of-chunks Total-count
# Chunk Coord1 Coord2 Ncount temp
320000 1008 2718
  1 1 1 0 0
  2 1 3 0 0
  3 1 5 0 0
  4 1 7 0 0
  5 1 9 0 0
  6 1 11 0 0
  7 1 13 0 0
  8 1 15 0 0
  9 1 17 0 0
  10 1 19 6.2 308.375
  11 1 21 16.8 264.951
  12 1 23 17.6 273.496
  13 1 25 17.4 312.707
  14 1 27 15 332.709
  15 1 29 16 299.605
  16 1 31 15.2 298.029
  17 1 33 13.6 328.428
  18 1 35 13.6 269.313
  19 1 37 16.2 278.102
  20 1 39 17 291.573
  21 1 41 12.2 311.539
  22 1 43 2.2 272.61
  23 1 45 0 0
  24 1 47 0 0
  25 1 49 0 0
  26 1 51 0 0
  27 1 53 0 0
  28 1 55 0 0
  29 1 57 0 0
  30 1 59 0 0
  31 1 61 0 0
  32 1 63 0 0
  33 1 65 0 0
  34 1 67 0 0
  35 1 69 0 0
  36 1 71 0 0
  37 1 73 0 0

数据导出

清完0的数据，最后只需要保留Coord1, Coord2, temp.
将数据导入origin：

将数据转为矩阵：

最后对生成的矩阵绘图即可：

这个时间步比较合理，上层是摩擦界面：

文献分析

最初关于温度云图的认识是出自这篇文献，现在来看的话应该就是用我上述的命令完成的。只不过他的切割起点应该时系统的正中间，chunk/atom有关于middle的命令，感兴趣可以看看。


关于去除质心速度的描述：