关于softmax、argmax、softargmax
在阅读LIFT：Learned Invariant Feature Transform一文时，文中第1节提到为了保证端到端的可微性，利用softargmax来代替传统的NMS（非极大值抑制）来挑选极值点位置。由于只了解softmax，对于softargmax不甚了解，所以记录下来。 1）softmax： 输入为向量，输出为值为0-1之间的向量，和为1。在分类任务中作为概率出现在交叉熵损失函数中。 import numpy as np
data=np.array([0.1, 0.3, 0.6,
Windows下使用Rtools编译R语言包
使用devtools安装github中的R源代码时，经常会出各种错误，索性搜了一下怎么在Windows下直接打包，网上的资料也是参差不齐，以下是自己验证通过的。 一、下载Rtools 下载地址：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ 根据自己安装的R版本，下载兼容的Rtools即可，我下载的是Rtools35.exe 二、安装Rtools Windows下的安装都是傻瓜式的，一步步点确定即可，有两个地方需要注意： 2.1 安装路径 第一次安
LUNA16掩码及标签的百度云链接
链接: https://pan.baidu.com/s/1KRzFoItvkJAqocbV-V2iZA 提取码: ueas 关于CT数据部分，文件太大，百度云上传后一直没反应，只能先等等了
代码管理工具Git的安装及使用
一：Git是什么？ Git是目前世界上最先进的分布式版本控制系统。 二：SVN与Git的最主要的区别？ SVN是集中式版本控制系统，版本库是集中放在中央服务器的，而干活的时候，用的都是自己的电脑，所以首先要从中央服务器哪里得到最新的版本，然后干活，干完后，需要把自己做完的活推送到中央服务器。集中式版本控制系统是必须联网才能工作，如果在局域网还可以，带宽够大，速度够快，如果在互联网下，如果网速慢的话，就纳闷了。 Git是分布式版本控制系统，那么它就没有中央服务器的，每个人的电脑就是一
解决w10与ubuntu18.04时间不同步问题
先在ubuntu下更新一下时间，确保时间无误： 打开终端 sudo apt-get install ntpdate
sudo ntpdate time.windows.com 然后将时间更新到硬件上： sudo hwclock --localtime --systohc 重新进入windows10，发现时间恢复正常了！
Bowtie2的安装与使用
Bowtie2的安装与使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组，与常规的比对软件不同的是（如blast），Bowtie在比对比较短的reads（less than 1024 base) 与 较大的参考（基因组） 时效果更好，也更快。 许多其他的软件经常会调用Bowtie ，如常见的 TopHat ， Cufflinks 等 Read: GACTGGGCGATCTCGACTTCG ||||| ||||||
idea | SpringBoot项目热加载
第一步： 在pom文件添加依赖： <dependency>
<groupId>org.springframework.boot</groupId>
<artifactId>spring-boot-devtools</artifactId>
<scope>runtime</scope>
</dependency>
第二步： 在idea编译器上设置 然后，键盘按键 ctrl + shift + alt + / 重启i
开课，linux之路新开始
今天开课第一天，虽然不会有实实在在的干货知识，只要是了解一下linux和认证。所以我也简单说一下我的linux之路 linux我是无意接触到的，因为工作，我接触的服务器较多，但是都是linux系统，记得当时第一次接触是rhel6.5，接触多了就萌生了学习linux的想法。 我在网上海淘各种教程，各种论坛，拼拼凑凑各种知识，心情烦躁。偶尔在一个网站上看到linux就该这么学字样，无意点开，随后吸引，我慢慢跳到了www.linuxprobe.com这个网站，这是《linux就该这么学》的主站，让我
树莓派安装下载机Deluge
1、官方主页下载操作系统 https://www.raspberrypi.org/downloads/raspbian/ 2、通过Win32DiskImager写入TF卡 3、新版树莓派Raspberry系统默认关闭ssh功能，需要打开：在boot下(SD卡根目录)载创建一个ssh文件即可(只是单纯的空文件,用于标识启动ssh); 系统启动后会自动开启ssh服务。 4、通过SSH Client登录系统，第一步是扩展系统空间和修改默认密码pi : raspberry，再改时区 Localisat
使用Trinity拼接以及分析差异表达一个小例子
使用Trinity拼接以及分析差异表达一个小例子 2017-06-12 09:42:47 293 0 0 Trinity 将测序数据分为许多独立的de Brujin graph，理论上每一个图对应一个表达的基因。 整个流程分为三个步骤：Inchworm, Chrysalis, and Butterfly Inchworm: 从reads中提取所有的重叠k-mers，根据丰度递减的顺序检查每个k-mers，然后将重叠的k-mers延长到不能再延长，称为一个contig Chrysalis: 将上
【效率】常用命令整理
Mac 锁屏（Command+ctrl+q） 文件可见切换（Command+Shift+. ） Git 退出vim编辑模式（按键q或:q+Enter) SublimeText WebStorm in Mac 查找替换（Command+R） 格式化（Command+option+L） shell pwd 显示当前目录路径 mkdir 创建空目录 ls -ah 显示隐藏目录 npm npm config ls 查看配置 npm cache clean 清除缓存
De novo RNA-Seq Assembly Using De Bruijn Graphs
De novo RNA-Seq Assembly Using De Bruijn Graphs 2017-06-12 09:42:47 59 0 0 在说基因组的拼接之前，可以考虑如下的一个问题： 假设有一摞报纸被炸成了碎片，如何利用这些碎片拼接成一份完整的信息了解那天发生的大事？ 这个问题的难点在于：必定有一部分的信息因为爆炸而消失不见，也不能简单的把报纸粘起来，因为报纸不止一份，所以我们必须从大量包含了重复内容的碎片来重构一份完整的报纸。 传统的基因租测序流程大致如下： 取目标样本的一些组
python基础教程（第三版)学习笔记（七）
第七章 再谈抽象 自定义`类和对象 7.1 对象魔法 多态：可对不同类型的对象执行相同的操作，而这些操作就像“被施了魔法”一样能够正常运行。 封装：对外部隐藏有关对象工作原理的细节。 继承：可基于通用类创建出专用类。 7.1.1 多态 大致意味着即便你不知道变量指向的是哪种对象，也能够对其执行操作，且操作的行为将随对象所属的类型（类）而异。 7.1.2 多态和方法 与对象属性相关联的函数称为方法。 标准库模块random包含一个名为choice的函数，它从序列中随机选择一个元素。下面使用这个函
python基础教程（第三版)学习笔记（八）
第八章异常 异常事件可能是错误（如试图除以零），也可能是通常不会发生的事情。为处理这些异常事件，可在每个可能发生这些事件的地方都使用异常处理机制。 8.1 异常是什么 Python使用异常对象来表示异常状态，并在遇到错误时引发异常。异常对象未被处理（或捕获）时，程序将终止并显示一条错误消息（traceback）。 8.2让事情沿着你指定的轨道出错 8.2.1 raise语句 要引发异常，可使用raise语句，并将一个类（必须是Exception的子类）或实例作为参数。将类作为参数时，将自动创建
python基础教程（第三版)学习笔记（九）
第九章 魔法方法、特性和迭代器 9.1 如果你使用的不是python3 在Python 2.2中，Python对象的工作方式有了很大的变化。这种变化带来了多个方面的影响。这些影响对Python编程新手来说大都不重要，但有一点需要注意：即便你使用的是较新的Python 2版本，有些功能（如特性和函数super）也不适用于旧式类。要让你的类是新式的，要么在模块开头包含赋值语句__metaclass__ = type(这以前提到过），要么直接或间接地继承内置类object或其他新式类。 在Pytho
python基础教程（第三版)学习笔记（十）
第十章 开箱即用 本章简要介绍模块的工作原理以及如何探索模块以获悉其提供的功能，然后概述标准库，重点是几个很有用的模块。 10.1 模块 使用import将函数从外部模块导入到程序中。 '''
import math as ma
Pi=3.1415926
v=ma.sin(Pi/6)
print(v) '''
0.49999999226497965
------------------
(program exited with code: 0)
请按任意键继续. . . 10.1.1
汤老师的Python标准库
Python常用标准库 汤小洋 关注 0人评论 701人阅读 2018-08-26 18:05:12 （转自汤老师的博客http://blog.51cto.com/12402007/2164567） 本章涉及标准库： 1、sys 2、os 3、glob 4、math 5、random 6、platform 7、pikle与cPikle 8、subprocess 9、Queue 10、StringIO 11、logging 12、ConfigParser 13、urllib与urllib2 14
python基础教程（第三版)学习笔记（十一）
第十一章 文件 11.1 打开文件 要打开文件，可使用函数open，它位于自动导入的模块io中。函数open将文件名作为唯一必不可少的参数，并返回一个文件对象。
from contextlib import contextmanager
import sys,pprint
f=open('xx.txt')
f.close() 文件模式 调用函数open时，如果只指定文件名，将获得一个可读取的文件对象。如果要写入文件，必须通过指定模式来显式地指出这一点。函数open的参数mode的可能取值有
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