原来基因功能富集分析这么简单

因此,研究者可通过多个功能注释数据库对基因进行功能富集分析,将这一系列基因集分成不同的功能类别,从中寻找在生物学过程中起关键作用的生物学通路,从而揭示和理解这些生物学过程的基本及潜在的分子机制。事实上,分子水平的落脚点是在基因水平上,但是基因的种类有很多,而理解这些基因所代表的生物学意义的最佳途径就是。基因本体论(Gene Ontology,GO)数据库是GO联合会在2000年构建的一个数据库,旨在建立一个适用于各种物种的、对基因和蛋白功能进行限定和描述的,并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。_基因功能富集分析
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【R语言】——基因GO/KEGG功能富集结果可视化(保姆级教程)

上期“原来基因功能富集分析这么简单”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析。注:DAVID导出来的“%”这列为“Gene ratio”;上面只展示“BP”的数据,其余“CC”和“MF”也是类似格式,故不一一列举。好了本次分享就到这里,下期将分享使用R clusterProfiler包对基因进行GO/KEGG功能富集分析,敬请期待。关注“在打豆豆的小潘学长”公众号,发送“富集分析1”获得完整代码包和演示数据。图5 KEGG富集分析柱状图。图6 KEGG富集分析气泡图。_kegg可视化 r代码
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【R语言】——基因GO/KEGG富集分析!超级简单的保姆级教程!

GO/KEGG功能富集分析中重要的是背景基因的选择,使用R clusterProfiler包对基因进行富集,需要导入目的基因(前景基因)相对应物种的参考基因组(背景基因),现阶段“bioconductor”已有十几种常见动物,如人类、小鼠等物种的OrgDb。”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析和使用R ggplot包对获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化。:富集到该GO term/KEGG term中的基因数目/给定基因的总数目;_r语言kegg富集分析
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【R语言】——火山图绘制

以转录组为例,转录组分析并不是针对一个或几个转录本进行分析,是对一个样品中所转录表达的所有转录本进行分析。:即Log2(fold change)火山图中横坐标的变量,将“fold change”进行了log2转化后,获得的数据中正数为上调的基因/负数为下调的基因,这样就可以使火山图两边对称分布(即左侧表下调/右侧表上调)。:即P-value,统计学根据显著性检验方法所得到的一个衡量值,一般以P < 0.05为显著,P _r语言火山图
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给大家伙拜年了

祝:各位小伙伴再2023年,大展宏兔,兔年大吉,万事如意,心想事成,科研顺利,阖家安康。
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【R语言】富集分析可视化代码(整理版)

分别介绍了如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析、使用R ggplot包对获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化、使用R clusterProfiler包和R AnnotationHub包对基因进行GO/KEGG功能富集分析、OrgDb包制作以及结果可视化等。故,我重新整理了一波,并补充了可对多个分组的富集结果进行可视化以及富集结果绘制圈图等的代码。关注“在打豆豆的小潘学长”公众号,发送“富集分析3”获得完整代码包和演示数据。一、单组富集结果可视化。_r语言富集分析
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Java 中的强引用、弱引用、软引用和虚引用

引用方式内存不足时垃圾回收机制启动时其余情况强引用否否否软引用是否否弱引用是是否虚引用可能可能可能在一般的程序中,弱引用和虚引用很少会被用到,强引用天天都在用就不必我说了,在有些情况下(如资源文件很大,但并不是全部要在同一时刻使用)我们会使用软引用来代替原来的强引用,一是可以避免某些情况下产生的 OOM,此外,它可以减少程序使用的内存,加速程序的运行。
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Java 中的 == 运算符、equals 方法和 hashCode 方法

HashMap 中键是不可以重复的,因此它的键就必须是不同的对象,那么这个时候就先用计算速度快的 hashCode 进行比较,若哈希值都不相等,那么这两个对象必然不相等,若是相等的,那么这个就有两种可能出现,一种情况是这两个对象是真的相等,另外一种情况就是出现了罕见的“哈希冲突”现象,那么这个时候就轮到 equals 来进行判断了!在 HashMap 中,键是不可以重复的,也就是说,它们的键都是不相同的,因此就要判断不同对象是否为同一对象。因此,哈希值可以用于判断两个对象是否不等。
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Java 中的 JIT 和 AOT

我们都知道,Java 是一种半编译型,半解释型的语言,其编译部分和 C++ 语言比较类似,解释部分和 Python 语言比较类似,而 Java 则是综合了两种方式的语言。
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你真的掌握了 Python 的七种参数了吗?

不知道为什么网上总有人说 Python 的参数类型有 4 种啊,5 种啊,殊不知其实有 7 种。Python 的 7 种参数分别是默认参数、位置参数、关键字参数、可变长位置参数、可变长关键字参数、仅位置参数和仅关键字参数。小白可能没见过“可变长参数”,但是大部分人可能都没见过“仅参数”,“仅参数”一般只会在开发模块时才会用到,那么我为什么会知道呢?您猜……下面就让我为你细细道来。
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智能汽车 宁德时代一天赚1.19亿!但市占率开始下滑

客户逐渐减少对宁德时代的依赖,主要客户特斯拉在中国销量增速放缓,以及比亚迪销量一路走高,种种因素之下,宁德时代的市场占比也从47.67%下滑到43.40%。并且,公司现有电池现有产能254GWh,还有在建产能100GWh,产能利用率为60.5%,相较去年同期的81.25%,说明宁德时代已经出现产能过剩的情况。不过值得注意的是,宁德时代曾经的三大客户:特斯拉、小鹏和蔚来,现在只剩下了特斯拉,其余车企基本都有其他电池供应商,也有的车企开始准备自造电池。另外,宁德时代仍然保持一贯的高研发投入。
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springboot综合案例第三课

Spring Security 的前身是 Acegi Security ,是 Spring 项目组中用来提供安全认证服务的框架。(https://projects.spring.io/spring-security/) Spring Security 为基于J2EE企业应用软件提供了全面安全服务。特别是使用领先的J2EE解决方案-Spring框架开发的企业软件项目。人们使用Spring Security有很多种原因,不过通常吸。
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JAVAEE免费工程师教程之springboot综合案例

需求:根据id查询用户详情,要查询【用户】对应的【角色】信息,以及角色所包含的【资源权限】的信息。注意事项:登录认证时用户必须得有角色才能登录成功,添加用户后给出角色,才能登录。给用户添加角色,用户与角色是多对多关系,操作中间表(users_role)即可。给用户添加角色,要查看当前这个用户有什么角色,哪些角色可以添加。测试Spring Security 密码加密。查询当前用户哪些用户还可以添加什么角色。用户表,角色表,权限表,两个中间表。
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AIGC与软件测试的融合

提示词工程就是给大模型应用做出合适的提示,来让大模型有更好的生成效果的一种技术,英文叫Prompt Engineering。目前提示词工程主要应用在两个领域:一个是类似于大语言模型的应用如ChatGPT,还有一种是文生图领域。现在我们遇见的不管是OpenAI ChatGPT、谷歌Bert、百度文心一言还是阿里通义千问,底层都是用了大模型的概念,用了大量的数据进行无监督预训练学习,最后的结果是训练出的AI是个通才。
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XX职业学院期末JAVAWEB考试题

11、Web服务器的主要功能是接收客户端的Web请求,把请求提交给 ,再把 执行的结果返回给用户。9、 Page指令用于定义JSP文件中的全局属性,下列关于该指令用法的描述不正确的是?21、指令的位置就是插入资源的位置。C. 为增强程序的可读性,建议将指令放在JSP文件的开头,但不是必须的。下列选项中的代码能使aa.jsp文件正确地动态包含bb.jsp的是( )。
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《Java Web程序设计》试卷03

(1)自增编号id;B.使用new Connection(“数据源URL”,”用户名”,”密码”)方法建立和特定数据库的连接,该方法返回Connection对象。25、使用RestultSet对象的next()方法使游标向下移一行,如果已经到了数据集的末尾,不存在下一行返回false。18、/WebRoot是Web应用的根目录,所有的JSP、HTML文件、CSS文件、资源文件都存放在此目录下。6、从“员工”表的“姓名”字段中找出名字包含“玛丽”的人,下面select语句正确的是( )
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《Java Web程序设计》试卷01

14、在JSP规范中,可以使用两种格式的注释。8、Servlet中的变量cookie 表示客户端的一个Cookie数据,以下选项中的代码用于删除客户端相应的Cookie数据的是( )。3、一个JSP文件需要引入java.io.File类和java.util.Date类,以下选项中的语法正确的是( )。21、/WebRoot是Web应用的根目录,所有的JSP、HTML文件、CSS文件、资源文件都存放在此目录下。10、java web应用程序的文件必须按照一定的规范组织,下面说法错误的是?
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方法重载习题答案

语法点:方法定义,方法重载按步骤编写代码,效果如图所示:编写步骤:参考答案:第二题:语法练习语法点:方法定义,if按步骤编写代码,效果如图所示:编写步骤:参考答案:第四题:需求实现定义showColor方法,根据英文单词,输出对应的颜色。代码实现,效果如图所示:参考答案:第五题:需求实现定义getValue方法,获取三个数中的最值,能够通过字符串,指定获取最大值或者最小值。代码实现,效果如图所示:开发提示:参考答案:第六题:需求实现定义printX方法,打印
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数组习题答案

模拟大乐透号码:代码实现,效果如图所示:开发提示:参考答案:第二题:需求实现打印扑克牌.代码实现,效果如图所示:开发提示:第三题:需求实现模拟在一副牌中,抽取第1张,第5张,第50张扑克牌。代码实现,效果如图所示:第四题:需求实现统计字符代码实现,部分效果如图所示:开发提示:参考答案:第五题:需求实现统计高于平均分的分数有多少个。代码实现,效果如图所示:参考答案:​定义sym方法,判断数组中的元素值是否对称.代码实现,效果如图所示:开发提示:参考答案:​定义equal
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常量&变量习题答案

开发提示:定义变量不赋值的格式。
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